文件名称：neoepiscope:从使用肿瘤正常DNA-seq数据检测到的阶段性体细胞突变预测新表位
文件大小：396.78MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-06 22:11:44
Python
新表镜 neoepiscope是一种经过同行评审的开源软件，可从DNA测序（DNA-seq）数据预测新表位。大多数新表位预测软件界限注意从最多一个体细胞突变而产生的新表位，往往只是一个SNV， neoepiscope的用途组装单倍型输出从一个以上的体细胞突变而产生也枚举的新表位。 neoepiscope还考虑了插入缺失的移码，并允许使用种系变体个性化参考转录组。 笔记 neoepiscope v0.2.x有一个严重的错误，其中纯合变体不与杂合变体分阶段。请更新到最新版本。 执照 neoepiscope已获得许可。有关更多详细信息，请参见 。 neoepiscope的某些部分（具体来说是 ， 和的代码段）摘自Rail-RNA，其版权归（c）2015 Abhinav Nellore，Leonardo Collado-Torres，Andrew Jaffe，James Morton，Jac
【文件预览】：
neoepiscope-master
----MANIFEST.in(53B)
----.travis.yml(574B)
----docs()
--------source()
----tests()
--------test_output.germline(4.39MB)
--------grch38_chr11.1.ebwt(40.66MB)
--------Ychrom.ref.3.ebwt(116B)
--------Ychrom.hapcut.out(840B)
--------germline.vcf(11KB)
--------Chr11.ref.rev.1.ebwt(39.73MB)
--------grch38_chr11.3.ebwt(161B)
--------chr14_index.4.ebwt(21.05MB)
--------Chr11.ref.4.ebwt(31.26MB)
--------test.rna.bam.bai(120B)
--------test.vcf(437B)
--------Chr11.hapcut.out(950B)
--------test.rna.bai(120B)
--------Ychrom.combined.vcf(63KB)
--------chr14_index.1.ebwt(28.06MB)
--------test.hapcut.out(216B)
--------Ychrom.gtf(4.38MB)
--------Ychrom.ref.rev.1.ebwt(10.26MB)
--------test_transcript.py(51KB)
--------Ychrom.mutect.vcf(78KB)
--------grch38_chr11.2.ebwt(16.04MB)
--------chr14_index.rev.2.ebwt(10.52MB)
--------Ychrom.ref.1.ebwt(10.26MB)
--------grch38_chr11.rev.1.ebwt(40.66MB)
--------test.rna.bam(682B)
--------Ychrom.germline.vcf(51KB)
--------Chr14.gtf(13KB)
--------rbp.haplotypes(584B)
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--------grch38_chr11.gtf(70.68MB)
--------Chr11.gtf(80.3MB)
--------Ychrom.varscan.vcf(10KB)
--------Ychrom.ref.rev.2.ebwt(2.74MB)
--------test___init__.py(29KB)
--------phased.vcf(26KB)
--------chr14_index.2.ebwt(10.52MB)
--------chr14_index.rev.1.ebwt(28.06MB)
--------Chr11.ref.1.ebwt(39.73MB)
--------Ychrom.ref.2.ebwt(2.74MB)
--------grch38_chr11.4.ebwt(32.08MB)
--------complete_hapcut.out(351B)
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--------expected.neoepiscope.out(1005B)
--------Chr11.ref.2.ebwt(15.63MB)
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----neoepiscope()
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