文件名称：cohorts:用于分析患者队列中的突变和新表位的实用程序
文件大小：144KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-03 14:25:41
Python
同类群组 队列是一个用于分析和绘制患者队列中的临床数据，突变和新表位的库。 它调出外部语言（如并缓存结果以便于操作。 同类群组需要Python 3（3.3+）。 我们不再维护与Python 2的兼容性。有关上下文，请参阅此。 安装 您可以使用安装同类群组： pip install cohorts 特征 数据管理：构建一个由“ Patient和“ Sample组成的Cohort 。 使用varcode和topiary生成并缓存变体效应和预测的新抗原。 来源：跟踪给定分析的世界状况（包和数据版本）。 聚合功能：内置功能，如missense_snv_count ， neoantigen_count ， expressed_neoantigen_count ; 或创建自己的功能。 绘制：通过lifelines绘制的生存曲线，响应/无响应图（带有Mann-Whitney和Fisher的E
【文件预览】：
cohorts-master
----MANIFEST.in(109B)
----.travis.yml(2KB)
----.coveragerc(95B)
----docs()
--------quick-start.md(6KB)
--------benefit_plot_example.png(14KB)
--------quick-start.Rmd(6KB)
--------survival_plot_example.png(15KB)
----RELEASING.md(2KB)
----test()
--------test_utils.py(6KB)
--------test_rounding.py(1KB)
--------test_plot.py(1KB)
--------test_effects.py(5KB)
--------data()
--------test_missing.py(5KB)
--------data_generate.py(2KB)
--------test_basic.py(3KB)
--------test_variant_stats.py(7KB)
--------__init__.py(407B)
--------test_count.py(9KB)
--------test_df_loading.py(1KB)
--------test_provenance.py(5KB)
--------test_cohort_defaults.py(7KB)
----cohorts()
--------survival.py(14KB)
--------collection.py(2KB)
--------functions.py(12KB)
--------varcode_utils.py(7KB)
--------utils.py(7KB)
--------provenance.py(2KB)
--------sample.py(2KB)
--------dataframe_loader.py(2KB)
--------cohort.py(68KB)
--------patient.py(4KB)
--------__init__.py(822B)
--------io()
--------model.py(4KB)
--------random.py(6KB)
--------variant_stats.py(9KB)
--------plot.py(11KB)
--------styling.py(1KB)
--------variant_filters.py(6KB)
--------_version.py(16KB)
--------rounding.py(2KB)
----LICENSE(11KB)
----setup.cfg(136B)
----.github_changelog_generator(17B)
----requirements.txt(392B)
----setup.py(3KB)
----.gitignore(105B)
----CHANGELOG.md(27KB)
----lint.sh(176B)
----README.md(4KB)
----versioneer.py(64KB)
----.gitattributes(33B)
----pylintrc(235B)