【文件属性】：
文件名称：MutationAnalysisPipeline:用于序列分析和突变注释的自动化管道
文件大小：7.32MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-04-29 10:02:15
Perl
突变分析管道
用于下一代序列分析和突变注释的自动化管道。
安装
要安装最新版本的MutationAnalysisPipeline，只需执行以下操作：
git clone
依存关系
管道需要以下安装才能工作：
BWA（ ）
Picardtools（ ）
Samtools（ ）
Bcftools（ ）
Annovar（ ）
描述
该管道可以自动处理下一代序列数据，从将fastq映射到参考文件再到功能注释。 管道可以将以下之一作为输入：
配对的末端fastq文件用于未映射的基因组
映射基因组的sam文件
映射基因组的bam文件
通过samtools生成的VCF文件
输入文件应放在“输入”目录中，其基因组应在“ genome_list.txt”文件中指定。 只要文件存在于“输入”目录中并且基因组名称存在于“ genome_list.txt”中，此管道就可以批处理来自不同基
【文件预览】：
MutationAnalysisPipeline-master
----genome_list.txt(0B)
----bin()
--------processGenomes.py(3KB)
--------annovar_processing.py(2KB)
--------samtools_processing.pyc(3KB)
--------bwa_processing.py(2KB)
--------samtools_processing.py(2KB)
--------annovar_processing.pyc(2KB)
--------bwa_processing.pyc(3KB)
----ref_files()
--------TB_H37Rv_sequence_validated.fa.ann(104B)
--------H37Rv_refGene.txt(312KB)
--------TB_H37Rv_sequence_validated.fa.pac(1.05MB)
--------TB_H37Rv_sequence_validated.fa.amb(12B)
--------TB_H37Rv_sequence_validated.fa(4.27MB)
--------TB_H37Rv_sequence_validated.fa.fai(45B)
--------H37Rv_refGeneMrna.fa(4.67MB)
--------TB_H37Rv_sequence_validated.fa.bwt(4.21MB)
--------TB_H37Rv_sequence_validated.fa.sa(2.1MB)
----annovar()
--------auto_annovar.pl(21KB)
--------convert2annovar.pl.old.pl(110KB)
--------convert2annovar.pl(111KB)
--------summarize_annovar.pl(24KB)
--------retrieve_seq_from_fasta.pl(18KB)
--------annotate_variation.pl(173KB)
--------coding_change.pl(11KB)
----run_mutation_pipeline.sh(1KB)
----README.md(3KB)
----LICENSE.txt(1KB)