【文件属性】：
文件名称：seq-scripts:用于序列和特征转换，注释，分析的脚本..
文件大小：10.97MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-11 07:02:13
Perl
概述
seq-frag –基于参考的读取/重叠群模拟
从参考序列模拟片段文库（Illumina SE / PE / MP，Pacbio，contigs）。 当前不支持错误模型。
依存关系
，
cpanm Math::Random
# wherever you prefer
git clone https://github.com/BioInf-Wuerzburg/perl5lib-Fasta.git
git clone https://github.com/BioInf-Wuerzburg/perl5lib-Fasta.git
export PERL5LIB=/path/to/perl5lib-Fasta/Fastq: $PERL5LIB
用法
seq-frag MODE -l LENGTH -c COVERAGE [options ..] < FASTA
# 50X 100bp si
【文件预览】：
seq-scripts-master
----.gitignore(53B)
----README.org(3KB)
----t()
--------seq-fix-start.t(638B)
--------seq-fix-start()
----data()
--------TAIR10_chr1.h1M.fa(977KB)
--------at-var.fa(986KB)
--------wil_2.v7c.1M.sdi(100KB)
--------TAIR9_GFF3_polymorphisms.h100000.gff(10.12MB)
--------TAIR10_chr1.h1M.fa.fai(32B)
--------seq-fix-start()
--------hhplot-pfam-32.0.rds(1021KB)
--------bur_0.v7c.1M.sdi(171KB)
--------TAIR9_chr1.fa.fai(35B)
--------ler_0.v7c.1M.sdi(49KB)
--------TAIR9_chr1.fa(29.02MB)
----etc()
--------seq-frag-mp.svg(1.61MB)
--------bio2svg-sample.png(319KB)
--------bio2svg-sample.svg(26KB)
--------seq-frag-mp.png(24KB)
----bin()
--------seq-id-match(3KB)
--------gff-shift(3KB)
--------needle-ava(3KB)
--------seq-rename(276B)
--------interleaved-split(855B)
--------seq-shit(1KB)
--------bcf-alt-consensus(10KB)
--------act-blast.sh(745B)
--------seq-join(1KB)
--------line2fasta(356B)
--------blast2bed(2KB)
--------seq-len(2KB)
--------seq-shuf(2KB)
--------seq-reduce(3KB)
--------cap3-wrap(7KB)
--------seq-fetch(3KB)
--------hhplot(2KB)
--------gff-merge(2KB)
--------gff2cds(7KB)
--------seq-ids(61B)
--------tsv-top(5KB)
--------gff2bed(2KB)
--------hhr2tsv(3KB)
--------gb2ffn(155B)
--------gff2gene(4KB)
--------seq-fq2fa(687B)
--------bed2gff(1KB)
--------deiupac(3KB)
--------FastqSplitByLength.sh(43B)
--------seq-len-fai(809B)
--------blast2bed-bash(927B)
--------gfa2fa(109B)
--------seq-comp(4KB)
--------seq-frag(14KB)
--------seq-chop(2KB)
--------hhplot.R(3KB)
--------r-gamma.R(91B)
--------tRNA-extract(4KB)
--------gb2gff-seqret(308B)
--------seq-sample(4KB)
--------seq-fix-start(5KB)
--------gff-strip-fasta(105B)
--------seq-gc(4KB)
--------seq-comp-aa(1KB)
--------aln-maf2seqs.pl(644B)
--------blast2bed-query-bash(1KB)
--------gb2faa(5KB)
--------gb2gff(11KB)
--------fq-fast-stat.pl(1KB)
--------gff-clean(3KB)
--------hmmer-tbl2tsv(3KB)
--------bed-gc(608B)
--------gc.sh(326B)
--------cluster-ids(6KB)
--------blast2gff(3KB)
--------gff-liftover(2KB)
--------gb-add-trans(4KB)
--------gb2fna(2KB)
--------dip-sim-gff.pl(3KB)
--------bio2svg(16KB)
--------seq-split(3KB)
--------aln-maf2stats.pl(1KB)
--------add-picard(2KB)
--------gc-window.pl(2KB)
--------FastqSplitByLength.pl(870B)
--------interleave(636B)
--------seq-error(6KB)
----LICENSE(1KB)