【文件属性】：
文件名称：nanopore:UCSC Nanopore集团的软件管道，用于基于参考的序列分析
文件大小：34.2MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-04 12:38:36
C
分析长时间阅读映射的代码，专门为牛津纳米Kong阅读量身定制。
要求
吉特
python 2.7
pysam
R 2.15.1或更高版本
适用于R的莱迪思软件包（ ）
我正在考虑使用virtualenv消除pysam依赖性并允许安装其他软件包，但随后您需要安装virtualenv。
安装
要安装代码，请运行：
git clone git://github.com/mitenjain/nanopore.git
cd nanopore
git pull
git submodule update --init
make
测验
要测试安装运行：
make test
这将在test /目录中的分析中运行演示序列。 测试集反映了分析您自己的数据的过程（请参阅）。
更新安装
要更新progressiveCactus安装，请从nanopore基本目录中键入：
git pull
git sub