【文件属性】：
文件名称：nanopore-methylation-utilities
文件大小：35KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-23 19:25:54
Python
纳米Kong甲基化实用程序
一套用于从Timp实验室分析纳米Kong甲基化数据的实用程序
床式格式甲基化文件
我将调用的纳米抛光甲基化输出转换为床式格式，使得每一行都是
重叠群
开始
结尾
读名字
甲基化调用字符串
对数似然比
主题背景
甲基化调用字符串的排列方式是
数字由甲基化呼叫分隔
每个数字都是距“起点”的累计距离
甲基化呼叫对应于字母前面位置的基序
“ m”表示甲基化，“ u”表示未甲基化，“ x”表示未调用（不确定）
生成的床样式文件经过排序， 和索引以便于操作。
./mtsv2bedGraph.py -i [path/to/nanopolish/methylation.tsv] |\
sort -k1,1 -k2,2n | bgzip > [methylation.bed.gz]
tabix -p bed [methylation.bed.gz]
将bam转换为igv
【文件预览】：
nanopore-methylation-utilities-master
----convert_bam_for_methylation.py(12KB)
----mtsv2bedGraph_upperlower.py(7KB)
----megalodon_mcalls_to_bedGraph.py(7KB)
----methylbed_utils.py(4KB)
----methylation_R_utils.R(24KB)
----test()
--------convert_test.sh(785B)
--------test_gmo.sh(726B)
--------haplotype_extract_test.sh(929B)
--------convert_test_noreg.sh(503B)
----parseMethylbed.py(9KB)
----extract_mbed_by_qname.py(6KB)
----mtsv2bedGraph.py(8KB)
----.gitignore(27B)
----README.md(2KB)
----convert_bam_for_methylation_cpggpc.py(11KB)
----split_bed_by_haplotype.py(7KB)