文件名称：nanopore-methylation-utilities
文件大小：35KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-12 13:12:34
Python
纳米Kong甲基化实用程序 一套用于从Timp实验室分析纳米Kong甲基化数据的实用程序 床式格式甲基化文件 我将调用的纳米抛光甲基化输出转换为床式格式，使得每一行都是 重叠群 开始 结尾 读名字 甲基化调用字符串 对数似然比 主题背景 甲基化调用字符串的排列方式是 数字由甲基化呼叫分隔 每个数字都是距“起点”的累计距离 甲基化呼叫对应于字母前面位置的基序 “ m”表示甲基化，“ u”表示未甲基化，“ x”表示未调用（不确定） 生成的床样式文件经过排序， 和索引以便于操作。 ./mtsv2bedGraph.py -i [path/to/nanopolish/methylation.tsv] |\ sort -k1,1 -k2,2n | bgzip > [methylation.bed.gz] tabix -p bed [methylation.bed.gz] 将bam转换为igv
【文件预览】：
nanopore-methylation-utilities-master
----convert_bam_for_methylation.py(12KB)
----mtsv2bedGraph_upperlower.py(7KB)
----megalodon_mcalls_to_bedGraph.py(7KB)
----methylbed_utils.py(4KB)
----methylation_R_utils.R(24KB)
----test()
--------convert_test.sh(785B)
--------test_gmo.sh(726B)
--------haplotype_extract_test.sh(929B)
--------convert_test_noreg.sh(503B)
----parseMethylbed.py(9KB)
----extract_mbed_by_qname.py(6KB)
----mtsv2bedGraph.py(8KB)
----.gitignore(27B)
----README.md(2KB)
----convert_bam_for_methylation_cpggpc.py(11KB)
----split_bed_by_haplotype.py(7KB)