【文件属性】：
文件名称：nanopore-read-annotation-Cuscuta-europaea
文件大小：184KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-03-25 17:53:22
Python
牛津纳米Kong阅读中重复的注释
论文：通过纳米Kong读数的计算分析阐明了全缘植物欧洲s草中异染色质的复杂序列组织（制备中）
作者（论文）：Tihana Vondrak，Ludmila Oliveira，Petr Novak，Andrea Koblizkova，Pavel Neumann，Jiri Macas
依存关系
python3（ ）与Biopython（ ）
[R编程环境（ ）与已安装的软件包Rfast，TSclust和Biostrings（ ）
LASTZ程序（ ）
该文本包括脚本和说明，该脚本和说明如何基于重复序列的参考库注释牛津纳米Kong阅读，如何使用快速傅里叶变换和自相关来计算邻域密度分布以及进行周期性分析。
图1分析策略的示意图。 （A）包含卫星A（橙色）和B（绿色）阵列的纳米Kong读数（灰色条）。 指示了阵列相对于参考数据库中序列的方向。
【文件预览】：
nanopore-read-annotation-Cuscuta-europaea-master
----python_scripts()
--------satellite_size_distribution.py(6KB)
--------profile_of_neighborhood.py(15KB)
--------filtering_bit_score_and_percentage.py(1KB)
--------plotting_cumulative_lengths_and_frequency_of_occurences.py(10KB)
--------similarity_search_to_coded_reads.py(10KB)
----figures()
--------scheme_05.png(178KB)
----R_scripts()
--------visualisation_of_size_distribution_log.R(4KB)
--------plotting_profiles_of_satellite_neighborhood.R(2KB)
--------plotting_cumulative_lengths_and_frequency_of_occurence.R(1KB)
----README.md(15KB)