文件名称：matlab代码注释标准-Mutation-Analysis:突变分析
文件大小：38KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-12 18:50:09
系统开源
matlab代码注释标准 Mutation-Analysis 说明 目前包括的模块 基础模块：样本路径查找、QC Calling：Mutect2、cnvkit 分析模块：Mutect2结果过滤、oncotator、MutSigCV、GISTIC、HotNet2 需要提供的列表在Summary文件夹中均有示例 可以在 /lustre/rdi/user/hantc/Pilot-Work/180116-Zhuang 路径下直接查看整个流程 1.1 checkPath.sh ../Summary/New.list ../Summary/samplepath.list 该步骤是在已知sample id的情况下，在新pipeline文件夹中找到样本的路径，基本使用新id命名规则（特别长）的样本都可以通过该方法找到 input: SAMPLE_ID output: SAMPLE_PATH run: bash checkPath.sh $input $output 1.2 Rscript QC_pipeline.R -f ../Summary/pipeline.list -o ../Summary 1
【文件预览】：
Mutation-Analysis-master
----README.md(5KB)
----Scripts()
--------cnvkit.sh(2KB)
--------oncotator()
--------recalibration.sh(893B)
--------link.sh(251B)
--------run_GISTIC.sh(90B)
--------grep_pipeline_Pid.sh(170B)
--------run_mutect2.sh(110B)
--------parallel.pl(414B)
--------oncotator2mutsig.sh(1KB)
--------hotnet2.sh(3KB)
--------QC_pipeline.R(3KB)
--------raw2bedonly2somatic.sh(2KB)
--------QC.R(5KB)
--------checkPath.sh(159B)
--------GISTIC_noMarker.sh(857B)
--------run_recalibration.sh(145B)
--------clone()
--------hotnet()
--------mutect()
--------maftool()
----Summary()
--------samplepath.list(1KB)
--------link_pipeline.list(3KB)
--------New.list(668B)
--------PID.txt(30B)
--------firsttime.list(4KB)
--------mutect.list(405B)
--------link_old.list(556B)