【文件属性】:
文件名称:matlab代码注释标准-Mutation-Analysis:突变分析
文件大小:38KB
文件格式:ZIP
更新时间:2021-05-24 01:03:29
系统开源
matlab代码注释标准
Mutation-Analysis
说明
目前包括的模块
基础模块:样本路径查找、QC
Calling:Mutect2、cnvkit
分析模块:Mutect2结果过滤、oncotator、MutSigCV、GISTIC、HotNet2
需要提供的列表在Summary文件夹中均有示例
可以在
/lustre/rdi/user/hantc/Pilot-Work/180116-Zhuang
路径下直接查看整个流程
1.1
checkPath.sh
../Summary/New.list
../Summary/samplepath.list
该步骤是在已知sample
id的情况下,在新pipeline文件夹中找到样本的路径,基本使用新id命名规则(特别长)的样本都可以通过该方法找到
input:
SAMPLE_ID
output:
SAMPLE_PATH
run:
bash
checkPath.sh
$input
$output
1.2
Rscript
QC_pipeline.R
-f
../Summary/pipeline.list
-o
../Summary
1
【文件预览】:
Mutation-Analysis-master
----README.md(5KB)
----Scripts()
--------cnvkit.sh(2KB)
--------oncotator()
--------recalibration.sh(893B)
--------link.sh(251B)
--------run_GISTIC.sh(90B)
--------grep_pipeline_Pid.sh(170B)
--------run_mutect2.sh(110B)
--------parallel.pl(414B)
--------oncotator2mutsig.sh(1KB)
--------hotnet2.sh(3KB)
--------QC_pipeline.R(3KB)
--------raw2bedonly2somatic.sh(2KB)
--------QC.R(5KB)
--------checkPath.sh(159B)
--------GISTIC_noMarker.sh(857B)
--------run_recalibration.sh(145B)
--------clone()
--------hotnet()
--------mutect()
--------maftool()
----Summary()
--------samplepath.list(1KB)
--------link_pipeline.list(3KB)
--------New.list(668B)
--------PID.txt(30B)
--------firsttime.list(4KB)
--------mutect.list(405B)
--------link_old.list(556B)