文件名称：somaticseq:使用SomaticSeq准确检测体细胞突变的整体方法
文件大小：25.79MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-23 05:56:49
somatic-variants cancer-genomics Python
体细胞序列 SomaticSeq是一个整体调用程序，能够使用机器学习过滤掉误报。 详细文档包含在中的回购中。 SomaticSeq的开放获取论文： 。 随时在“页面上报告问题和/或提出问题。 仍受支持，但与当前版本相比受到严重限制。 要求 该揭示了依赖关系 Python 3，以及pysam，numpy，scipy，pandas和xgboost库。 ：在调用并行处理和/或将任何基础文件用作输入文件时需要。 我们已合并了至少一个调用方，即MuTect2（GATK4）/ MuTect / Indelocator，VarScan2，JointSNVMix2，SomaticSniper，VarDict，MuSE，LoFreq，Scalpel，Strelka2，TNscope和/或鸭嘴兽。 SomaticSeq依靠第三方调用方来生成候选突变，因此您必须至少运行其中一个，但最好运行多