文件名称：CaVEMan:基于SNV期望最大化的突变调用算法，旨在检测配对（正常肿瘤）癌症样本中的体细胞突变。 通过htslib支持bam和cram格式
文件大小：9.15MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-17 13:31:06
C
卡夫曼 CaVEMan程序的AC实现。 使用期望最大化方法来调用配对数据中的单碱基替换。 设计用于计算场/群集时，程序中的大多数步骤都使用索引参数。 拆分步骤旨在将基因组分成大小可调的块，以针对运行时/内存使用需求进行优化。 有关CaVEMan的简单执行，请参见 掌握 开发人员 安装 请参阅INSTALL.TXT 先决条件 从1.6.0版开始，CaVEMan支持cram文件（带有索引）。 针对正常和肿瘤样本的BWA映射，索引，重复的标记/删除的bam文件 Reference.fasta和索引 一个基于区域的床样式格式文件，在分析期间要忽略（请参阅指定格式）。 > = 1.2.3.5 > = 1.13 可选输入（将导致更准确的通话） 正常和肿瘤拷贝数文件（请参阅指定格式）。 正常的肿瘤值污染 处理流程 CaVEMan按以下列出的顺序在几个不同的步骤中执行。 设置 生成一个配置