文件名称：pufferfish:彩色，压缩的de Bruijn图的有效索引
文件大小：2.93MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-05 02:04:37
genome hash index debruijn dbg
目录 什么是Puffaligner Puffaligner是建立在之上的快速，灵敏和准确的aligner。 它尝试在读取对齐器的空间中占据较少探索的位置，通常比基于BWT的方法使用更多的内存（除非有高度重复的引用），但比诸如STAR这样非常快但需要内存的对齐器要少得多。 Puffaligner基于散列相对较长的种子，然后将其扩展到MEM，因此它非常快（通常比BWT中基于任意模式匹配的方法快得多）。 它采用类似于和的种子->链->对齐方法。 它支持与转录组以及基因组的比对，但目前仅支持连续比对（即尚未实现剪接比对）。 然而，这种设计意味着人们可以使用Puffalign将读段与基因组（或转录组）和包含基因组和剪接转录本的联合索引进行比对。 对齐器的另一个功能是将诱饵列表以及主要序列引入索引。 如果读段与诱饵序列而不是主列表中的序列更好地对齐，则将其丢弃。 这种功能的用例之一是在保留内