文件名称：bcalm:低内存中的压缩de Bruijn图构造
文件大小：142KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-15 22:02:49
bioinformatics graph debruijn unitigs Python
平衡计分卡2 BCALM 2是一种生物信息学工具，用于根据测序数据构建压缩的de Bruijn图。 该存储库是BCALM软件的新并行版本。 它使用的是新算法，并使用库实现。 BCALM（版本1）的原始单线程代码仍可在以下位置获得： : 用法 阅读下面的说明进行编译，然后： ./bcalm -in [reads.fa] -kmer-size [kmer_size] -abundance-min [abundance_threshold] 例如 ./bcalm -in reads.fastq -kmer-size 21 -abundance-min 2 重要参数为： -kmer-size [int] k-mer大小，即de Bruijn图的节点长度。 -abundance-min [int] 设置阈值X，在此阈值以下，滤除（严格地）在数据集中少于X次的k-mers； 即通常
【文件预览】：
bcalm-master
----.circleci()
--------config.yml(3KB)
----CMakeLists.txt(4KB)
----.gitignore(7B)
----README.md(5KB)
----.gitmodules(83B)
----test()
--------simple_test.sh(640B)
--------minitip.fa(374B)
----LICENSE(1KB)
----gatb-core()
----thirdparty()
--------ThreadPool.h(3KB)
--------lockstdqueue.h(1KB)
--------lockstdvector.h(1KB)
--------lockbasedqueue.h(2KB)
--------concurrentqueue.h(139KB)
----src()
--------main.cpp(2KB)
--------bcalm_1.cpp(4KB)
--------bcalm_1.hpp(2KB)
----scripts()
--------convertToGFA.py(5KB)
--------memused(318B)
--------abundance_stats.py(1KB)
--------pufferize.py(6KB)
--------split_unitigs.py(4KB)
--------unitigEvaluator.cpp(6KB)
--------release.sh(69B)
----example()
--------run-tiny.sh(128B)
--------tiny_read.fa(31B)
--------uf()
--------pufferize()
--------circular_unitigs_unittests()
----.travis.yml(1KB)
----VERSION(7B)
----bidirected-graphs-in-bcalm2()
--------bidirected-graphs-in-bcalm2.md(11KB)
--------fig4.png(1KB)
--------fig5.png(4KB)
--------fig8.png(17KB)
--------fig1.png(2KB)
--------figs.pptx(44KB)
--------fig33.png(10KB)
--------fig66.png(3KB)
--------fig2.png(4KB)
--------fig7.png(8KB)