文件名称：jumboDB:大k的De Bruijn图构造
文件大小：70KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-15 08:13:38
C++
用于构建De Bruijn图的JumboDB工具 版本：1.0.1 这是jumboDB工具，可用于从很长的序列（读数或基因组）中以极低的错误率快速构建de Bruijn图。 JumboDB本身不是一个基因组组装程序，而是一个子例程，该例程将一组读取结果转换为压缩的de Bruijn图。 JumboDB是正在开发中的LJA（拉荷亚组装程序）基因组组装程序的一部分，专为HiFi读取组装而设计。 jumboDB的独特之处在于它可以为任何k值构造de Bruijn图。 而且，增加k不会导致时间和空间需求的显着增加。 时间和空间性能主要取决于生成的图形的大小（核苷酸中所有边的总长度）。 请注意，jumboDB会丢弃所有少于k + w的读取（请参见）。 JumboDB使用多种已知技术的组合，例如，bloom过滤器，稀疏的Bruijn图和滚动哈希。 JumboDB从HiFi数据集构建人类基因组的d
【文件预览】：
jumboDB-main
----manual.md(4KB)
----_config.yml(26B)
----LICENSE(2KB)
----src()
--------tools()
--------projects()
----.gitignore(140B)
----test_data()
--------reads.fasta(223B)
----CMakeLists.txt(1018B)
----README.md(2KB)