文件名称：cuttlefish:通过引用或阅读有效地构建压缩的de Bruijn图
文件大小：882KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-29 10:45:36
C++
乌贼 墨鱼是一种快速，并行且非常轻巧的存储工具，可根据基因组参考构建紧凑的de Bruijn图。 目录 概述 从大量参考基因组中构建紧密的de Bruijn图，这是对基因组分析越来越感兴趣的任务。 例如，为了对齐短读和长读，越来越多地使用压缩的彩色参考德布鲁因图作为序列索引。 同样，随着我们对单个基因组进行更大的排序和组装，紧凑的彩色de Bruijn图可以用作旨在对这些基因组进行比较基因组分析的方法的基础。 尽管已经开发了从参考序列构建压缩的彩色de Bruijn图的算法，但是随着构建de Bruijn图的基因组的数量和规模的增长，仍有改进的空间，尤其是在内存和运行时性能方面。 我们引入一种在工具墨鱼中实现的新算法，以从一个或多个基因组参考的集合中构造（彩色）压缩的de Bruijn图。 墨鱼引入了de Bruijn图顶点的一种新颖的建模方案，即有限状态自动机，并限制了自动机的状态空间