debruijn:de Bruijn 图构建工具

【文件属性】：
文件名称：debruijn:de Bruijn 图构建工具
文件大小：18KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-06-10 05:40:12
C++ 笔记 这个软件很旧（2011）。 现在有更好的技术。 更好的 de Bruijn 图构造算法是 BCALM： : （这里的可读 Python 代码： : ）。 另一个是 Genome-Scale Algorithm Design（第 13.2 章， ）一书中包含的实现。 德布赖恩 构建一组读取（FASTA 或 FASTQ 文件）的 de Bruijn 图的软件。 边是出现在读取中的 (k+1)-mers，节点是 k-mers。 在 k-mer（分别为 (k+1)-mer）和它的反向互补体之间没有区别。 它返回 KisSplice 格式（ad-hoc）或 DOT 格式（可以被大多数应用程序打开，包括 Zgrviewer 和 Gephi）的图形。 de Bruijn 图可用于许多下一代测序应用，包括从头基因组组装和变异检测。 对于 k <= 32，此实现使用 ma

【文件预览】：
debruijn-master
----Makefile(313B)
----fasta.h(163B)
----tight_tables.h(2KB)
----merge_graphs.cpp(13KB)
----debruijn3.cpp(21KB)
----kmers.h(2KB)
----kmers.c(13KB)
----README.md(2KB)
----fasta.c(3KB)