文件名称：scCancer:用于自动处理癌症中单细胞RNA-seq数据的软件包
文件大小：20.71MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-24 06:45:27
R
scCancer 介绍 scCancer软件包专注于处理和分析基于液滴的scRNA-seq数据，用于癌症研究。 除了基本的数据处理步骤外，此软件包还针对癌症特定功能进行了一些特殊考虑。 scCancer的工作流程主要包括三个模块： scStatistics ， scAnnotation和scCombination 。 scStatistics对原始数据和质量控制进行基本的统计分析。 scAnnotation执行功能数据分析和可视化，例如低维表示，聚类，细胞类型分类，细胞恶性评估，细胞表型分析，基因特征分析，细胞间相互作用分析等。 scCombination执行多个样本数据集成，批处理效果校正并分析可视化。 经过计算分析后，以用户友好HTML格式生成了详细的图形报告。 （） 系统要求 R版本：> = 3.5.0（建议： R 3.6，而不是4.0 ） 提示：对于Windows
【文件预览】：
scCancer-master
----.gitignore(49B)
----NAMESPACE(2KB)
----vignettes()
--------.gitignore(11B)
--------scCancer.Rmd(39KB)
----R()
--------scAnnotation.R(81KB)
--------cnvFunction.R(22KB)
--------scCombination.R(23KB)
--------scStatistics.R(34KB)
--------utils.R(26KB)
----.Rbuildignore(41B)
----scCancer.Rproj(356B)
----man()
--------runGeneSets.Rd(625B)
--------runSeurat.Rd(1KB)
--------runCellClassify.Rd(1KB)
--------runCellCycle.Rd(460B)
--------checkAnnoArguments.Rd(320B)
--------prepareData.Rd(1KB)
--------getCellTypeColor.Rd(319B)
--------plotSeurat.Rd(2KB)
--------ggplot_config.Rd(289B)
--------extractFiles.Rd(992B)
--------plotCellInteraction.Rd(500B)
--------runExprProgram.Rd(898B)
--------checkCombArguments.Rd(321B)
--------predCellType.Rd(617B)
--------genStatReport.Rd(399B)
--------checkStatArguments.Rd(320B)
--------runMalignancy.Rd(2KB)
--------genAnnoReport.Rd(397B)
--------plotMalignancy.Rd(670B)
--------runStemness.Rd(680B)
--------runScStatistics.Rd(2KB)
--------generate10Xdata.Rd(868B)
--------plotGeneSet.Rd(694B)
--------Read10Xdata.Rd(1KB)
--------runSurvival.Rd(1KB)
--------runScCombination.Rd(6KB)
--------runDoublet.Rd(500B)
--------pointDRPlot.Rd(2KB)
--------runScAnnotation.Rd(7KB)
--------getDefaultColors.Rd(383B)
--------runCellInteraction.Rd(780B)
--------plotExprProgram.Rd(822B)
--------markerPlot.Rd(1016B)
--------prepareSeurat.Rd(3KB)
--------clusterBarPlot.Rd(990B)
--------getDefaultMarkers.Rd(486B)
--------getTumorCluster.Rd(782B)
--------getDefaultGeneSets.Rd(452B)
----README.md(3KB)
----inst()
--------txt()
--------rds()
--------rmd()
----DESCRIPTION(1KB)