文件名称：scNPF：网络传播和网络融合辅助的集成框架，用于单细胞RNA-seq数据的预处理
文件大小：82.5MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-21 13:31:23
R
scNPF R软件包 网络传播和网络融合辅助的整合框架，用于单细胞RNA-seq数据的预处理 关于 scNPF是一个R软件包，用于通过利用给定数据中固有的上下文特定拓扑和先验基因-基因相互作用网络的网络信息来预处理单细胞RNA-seq数据。 基本的scNPF框架由两个模块（图1）组成，包括用于插补缺失的scNPF传播和用于融合多个平滑表达矩阵以学习细胞-细胞相似性矩阵的scNPF-fusion。 scNPF框架具有高度集成性和灵活性，因为两个模块是独立但相互联系的。 scNPF传播涉及一个基于网络的传播过程，该过程基于给定的基因-基因相互作用网络上的具有重新启动的随机游走（RWR），以获得每个节点（基因）的分布，从而捕获其与网络中所有其他基因的相关性。 该过程考虑了相互作用网络的全局连通性模式，以分析每个基因的拓扑背景。 更重要的是，该模块包含两种传播模式，包括使用公开可用的交互网络的先验
【文件预览】：
scNPF-master
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--------Schematic diagram of the scNPF framework.png(473KB)
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--------SNF.Rd(4KB)
--------scNPF.fus.Rd(1KB)
--------plotHeatmap.Rd(719B)
--------smoothRWR.Rd(1KB)
--------affinityMatrix.Rd(2KB)
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--------scNPF user guide.pdf(899KB)
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--------scNPF_fus.R(2KB)
--------SNFtool_function.R(9KB)
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