nanoget:从牛津纳米Kong测序数据和比对中提取信息的功能

时间:2024-06-07 07:12:48
【文件属性】:

文件名称:nanoget:从牛津纳米Kong测序数据和比对中提取信息的功能

文件大小:26KB

文件格式:ZIP

更新时间:2024-06-07 07:12:48

Python

纳米 该模块提供从牛津纳米Kong测序读数和比对中提取有用指标的功能。 职能 可以使用以下功能以以下格式显示数据: 排序的bam文件process_bam(bamfile, threads) 标准的fastq文件process_fastq_plain(fastqfile, 'threads') 具有来自MinKNOW或Albacore process_fastq_rich(fastqfile)元数据的fastq文件 Albacore process_summary(sequencing_summary.txt, 'readtype')生成process_summary(sequencing_summary.txt, 'readtype')文件 可以使用gzip,bzip2或bgzip压缩Fastq文件。 数据作为带有标准化标头名称的pandas DataFrame返回,以便于提取。


【文件预览】:
nanoget-master
----.gitignore(74B)
----setup.cfg(29B)
----README.md(1KB)
----nanoget()
--------extraction_functions.py(18KB)
--------utils.py(2KB)
--------__init__.py(56B)
--------nanoget.py(6KB)
--------version.py(23B)
----LICENSE(34KB)
----scripts()
--------test.py(611B)
--------test.sh(85B)
--------create_feather.py(5KB)
----MANIFEST.in(66B)
----setup.py(1KB)
----.travis.yml(332B)

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