文件名称：pomoxis:牛津纳米Kong研究的分析成分
文件大小：105KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-30 07:58:01
Python
Pomoxis-用于纳米Kong研究的生物信息学工具 Pomoxis包含一组专门为纳米Kong测序量身定制的基本生物信息学工具。 值得注意的是，包括了用于生成和分析草图装配的工具。 牛津纳米Kong技术公司的研究数据分析小组使用了许多这样的工具。 可以在上找到文档。 :copyright:2018牛津纳米Kong技术有限公司。 特征 用已知的良好默认参数和使用方法包装第三方工具。 使用所有第三方工具创建隔离的环境。 可以与conda一起安装。 简化常见的简短分析链。 集成到以执行更复杂的分析管道。 开源（Mozilla Public License 2.0）。 兼容性 Pomoxis是在Ubuntu 16.04上开发的，其他最新的linux也应具有相同的兼容性（请参见下面的构建说明）。 众所周知，Pomoxis至少可以在某些MacOS High Sierra配置上运行，尽管已知某些组件（尤其是
【文件预览】：
pomoxis-master
----pomoxis()
--------assess_homopolymers.py(13KB)
--------common_errors_from_bam.py(6KB)
--------subsample_bam.py(12KB)
--------__init__.py(1KB)
--------trim_alignments.py(4KB)
--------stats_from_bam.py(9KB)
--------ref_seqs_from_bam.py(888B)
--------summary_from_stats.py(4KB)
--------qscores_from_summary.py(2KB)
--------find_indels.py(5KB)
--------util.py(15KB)
--------catalogue_errors.py(43KB)
--------coverage_from_bam.py(4KB)
--------bio.py(3KB)
----setup.py(5KB)
----.gitignore(117B)
----images()
--------ONT_logo_590x106.png(35KB)
----requirements.txt(286B)
----Makefile(5KB)
----LICENSE.md(15KB)
----prog_docs.py(2KB)
----.gitlab-ci.yml(3KB)
----.travis.yml(784B)
----MANIFEST.in(115B)
----CHANGELOG.md(582B)
----.gitmodules(0B)
----scripts()
--------mini_assemble(8KB)
--------intersect_assembly_errors(2KB)
--------mini_align(5KB)
--------assess_assembly(4KB)
----README.md(6KB)
----docs()
--------index.rst(6KB)
--------conf.py(10KB)
--------programs.rst(4KB)