【文件属性】：
文件名称：bon鱼：Bonito-牛津纳米Kong阅读的PyTorch Basecaller
文件大小：54KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-02-24 05:10:39
nanopore pytorch basecalling Python
鲣
牛津纳米Kong读取的PyTorch Basecaller。
$ pip install ont-bonito
$ bonito basecaller dna_r9.4.1 /data/reads > basecalls.fasta
如果以.fasta或.mmi格式提供参考，则bonito将以sam格式输出。
$ bonito basecaller dna_r9.4.1 --reference reference.mmi /data/reads > basecalls.sam
当前可用的模型是dna_r9.4.1 ， dna_r10.3 。
开发人员快速入门
$ git clone https://github.com/nanoporetech/bonito.git # or fork first and clone that
$ cd bonito
$ python3 -
【文件预览】：
bonito-master
----setup.py(1KB)
----.gitignore(206B)
----requirements.txt(272B)
----Makefile(2KB)
----MANIFEST.in(178B)
----bonito()
--------training.py(8KB)
--------data()
--------__init__.py(1007B)
--------cli()
--------io.py(10KB)
--------models()
--------fast5.py(5KB)
--------util.py(11KB)
--------multiprocessing.py(6KB)
--------nn.py(3KB)
--------aligner.py(1KB)
--------ctc()
--------crf()
----LICENCE.txt(14KB)
----notebooks()
--------bonito-train.ipynb(21KB)
--------README.md(670B)
----README.md(5KB)