文件名称：isONclust:从头开始将长转录本从头读入基因
文件大小：489.42MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-05 14:53:31
bioinformatics clustering transcriptome oxford-nanopore pacbio-iso-seq
isOnclust isONclust是一种将PacBio Iso-Seq读物或Oxford Nanopore读物聚集成簇的工具，其中每个簇代表来自基因的所有读物。 输出是一个tsv文件，每个读取都分配了一个集群ID。 详细信息可在。 isONclust作为python软件包分发，在0.0.2及更高版本（由于python的多处理库中进行了更新）中，在python v> = 3.4上Linux / OSX上受支持。 。 目录 执照 安装 使用conda Conda是安装isONclust的首选方式。 创建并激活一个称为isonclust的新环境 conda create -n isonclust python=3 pip source activate isonclust 安装isONclust pip install isONclust 您现在应该已经安装了“ isON
【文件预览】：
isONclust-master
----MANIFEST.in(17B)
----.travis.yml(475B)
----isONclust(14KB)
----test()
--------old_sorted_ens_100k.fastq.tar.gz(70.67MB)
--------ccs.fastq.gz.part-ac(90MB)
--------isonclust1.out(13KB)
--------ENS_100k.fastq.tar.gz(69.71MB)
--------ccs.fastq.gz.part-ad(77.78MB)
--------ccs.fastq.gz.part-aa(90MB)
--------ccs.fastq.gz.part-ab(90MB)
--------sample_alz_2k.fastq(6.55MB)
----setup.cfg(252B)
----requirements.txt(28B)
----setup.py(4KB)
----README.md(8KB)
----scripts()
--------compute_shared_minimizer_probabilities.py(11KB)
--------compute_cluster_quality.py(20KB)
--------.DS_Store(6KB)
----cemetary()
--------old_functions.py(5KB)
--------cluster_parallel.py(31KB)
----LICENSE.txt(34KB)
----modules()
--------parallelize.py(9KB)
--------__pycache__()
--------.DS_Store(6KB)
--------cluster.py(19KB)
--------__init__.py(0B)
--------consensus.py(5KB)
--------p_minimizers_shared.py(2.4MB)
--------help_functions.py(3KB)
--------get_sorted_fastq_for_cluster.py(11KB)