文件名称：SVanalyzer:分析基因组结构变异的工具
文件大小：714KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-25 09:34:56
Perl
SVanalyzer模块/脚本 就像小插入和删除一样，在序列上的相似性大插入和删除的边界可以做出精确的说明边界和等位基因序列含糊不清。 SVanalyzer由《癌症》杂志的资深科学家Nancy Fisher Hansen撰写NHGRI的遗传学和比较基因组学分支（ CGCG ）是该学院的研究所。 国立卫生研究院。 可以通过nhansen@mail.nih.gov与Nancy联系。 软件依赖项 SVanalyzer工具需要samtools（ ），edlib aligner（ ），MUMmer（ ）和bedtools （ ）执行其结构变体比较。 使用conda安装 可以使用conda软件包管理器和bioconda通道安装SVanalyzer。 有关设置conda / bioconda的详细信息，请参见 。 conda create -n svanalyzer conda activa
【文件预览】：
SVanalyzer-master
----.gitignore(270B)
----t()
--------benchmark.test.vcf(252KB)
--------regions.bed(681B)
--------refined.homref.bed(978B)
--------hs37d5_1start.fa.fai(18B)
--------1_load.t(1KB)
--------refine.qdelta(2KB)
--------utg7180000002239.fa(236KB)
--------minreadtest.vcf(8KB)
--------hs37d5_small.fa.fai(21B)
--------widen.vcf(67KB)
--------merge.vcf(10KB)
--------refined.nocov.bed(274B)
--------hs37d5_1start.fa(1.45MB)
--------minreadtruth.vcf(8KB)
--------utg7180000002239.fa.fai(33B)
--------merged2.vcf(12KB)
--------2_call.t(7KB)
--------merged1.vcf(10KB)
--------second.vcf(1KB)
--------merge.fof(28B)
--------benchmark.truth.vcf(83KB)
--------mergens.vcf(10KB)
--------first.vcf(1KB)
--------test()
----META.yml(892B)
----Build.PL(2KB)
----LICENSE(1022B)
----README.textile(2KB)
----scripts()
--------SVrefine(43KB)
--------SVmerge(31KB)
--------SVcomp(7KB)
--------SVbenchmark(26KB)
--------svanalyzer(409B)
--------misc()
--------SVwiden(19KB)
--------SVplotaligns(17KB)
----META.json(1KB)
----INSTALL(890B)
----lib()
--------NHGRI()
--------GTB()
--------NISC()
----MANIFEST.SKIP(96B)
----docs()
--------svbenchmark.rst(3KB)
--------Makefile(7KB)
--------svmerge.rst(3KB)
--------index.rst(2KB)
--------conf.py(9KB)
--------make.bat(7KB)
--------svwiden.rst(1KB)
--------svcomp.rst(1KB)
--------faq.rst(642B)
--------svrefine.rst(2KB)
----MANIFEST(668B)