文件名称：smoove:使用现有工具进行结构变异调用和基因分型，但是很顺利
文件大小：2.4MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-20 04:12:20
genomics structural-variation lumpy Go
变态 smoove简化并加快了短读的调用和基因分型SV。 它还通过消除许多指示低电平噪声的杂散对准信号来改善特异性，这些杂散对准信号通常会导致杂散呼叫。 有描述博客，帖子smoove详细 它既可以在单个命令中支持小型队列，又可以在总体级别上执行4个步骤，其中2个示例并行执行。 有一张表格，介绍了smoove和duphold（由smoove使用）的精度和召回率 这个需要： ：用于CRAM支持 ：对最终的VCF进行排序 ：压缩并索引最终的VCF 并且可以选择（但强烈建议所有选择）： ：基因型SV ：大型队列必需 ：删除高覆盖区域。 ：1.5或更高版本，用于VCF索引和过滤。 ：注释事件内和断点处的深度变化。 在没有任何参数的情况下运行smoove将显示找到了哪些参数，因此可以根据需要将其添加到PATH。 smoove将： 并行化对lumpy_filter调
【文件预览】：
smoove-master
----.dockerignore(386B)
----docker()
--------Dockerfile(2KB)
--------docker-build.sh(2KB)
----shared()
--------shared.go(2KB)
----paste()
--------paste.go(2KB)
----duphold()
--------duphold.go(3KB)
----scripts()
--------evaluation.sh(2KB)
--------totable.py(740B)
----svtyper()
--------svtyper.go(7KB)
----.travis.yml(335B)
----smoove.go(40B)
----LICENSE(11KB)
----HISTORY.md(5KB)
----README.md(6KB)
----merge()
--------merge.go(5KB)
----annotate()
--------annotate.go(10KB)
----tests()
--------test-anno.gff(1KB)
--------subset.fa.gz.gzi(744B)
--------subset.fa.gz(814KB)
--------functional-tests.sh(965B)
--------NA24385_chr1.cram(1.53MB)
--------test-anno.vcf(210KB)
--------NA24385_chr1.cram.crai(332B)
----.gitignore(150B)
----cmd()
--------smoove()
----lumpy()
--------badsplit.go(3KB)
--------t.bam(953B)
--------depthfilter.go(16KB)
--------lumpy_test.go(2KB)
--------lumpy.go(12KB)
--------badsplit_test.go(992B)
----hipstr()
--------hipstr.go(3KB)