【文件属性】：
文件名称：svtyper:贝叶斯基因分型仪用于结构变异
文件大小：1.16MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-07 06:26:22
bioinformatics genomics vcf genotype Python
SVTyper
贝叶斯基因分型仪用于结构变异
概述
SVTyper使用全基因组测序数据执行结构变异（SV）的断点基因分型。 用户必须提供基因型位点的VCF文件（可能由生成），以及与对齐的Illumina配对末端读段的BAM / CRAM文件。 SVTyper评估来自配对末端和分裂阅读序列比对的不一致和一致阅读，以推断每个位点的基因型。 算法细节和基准测试在进行了描述。
安装
要求：
的Python 2.7.x
通过pip安装
pip install git+https://github.com/hall-lab/svtyper.git
svtyper取决于 （版本或更高版本） ， 和 ； svtyper-sso还取决于 。 如果依赖项在您的系统上尚不可用， pip将尝试下载并安装它们。
svtyper与svtyper-sso
svtyper是基因分型算法的原始实现，可用于多个样本。
【文件预览】：
svtyper-master
----setup.py(1KB)
----.gitignore(458B)
----requirements.txt(26B)
----svtyper()
--------__init__.py(0B)
--------singlesample.py(34KB)
--------statistics.py(4KB)
--------parsers.py(45KB)
--------utils.py(4KB)
--------classic.py(25KB)
--------version.py(75B)
----Makefile(504B)
----etc()
--------het.png(113KB)
--------my.bam.json.pdf(35KB)
--------hom_alt.png(95KB)
--------my.bam.json.png(81KB)
--------hom_ref.png(115KB)
----.travis.yml(2KB)
----MANIFEST.in(71B)
----LICENSE(1KB)
----setup.cfg(22B)
----scripts()
--------vcf_allele_freq.py(15KB)
--------vcf_modify_header.py(14KB)
--------lib_stats.R(2KB)
--------sv_classifier.py(27KB)
--------update_info.py(13KB)
--------vcf_group_multiline.py(27KB)
--------vcf_paste.py(5KB)
----README.md(7KB)
----tests()
--------data()
--------__init__.py(0B)
--------test_svtyper.py(4KB)
--------context.py(159B)
--------test-cli.sh(611B)
--------test_singlesample.py(3KB)