【文件属性】：
文件名称：matlab代码cox-scTenifoldKnk:R/MATLAB软件包可在单细胞基因调控网络上进行虚拟敲除实验
文件大小：602.52MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-23 20:25:49
系统开源
Matlab代码考克斯scTenifoldKnk
AR
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MATLAB软件包可在单细胞基因调控网络上进行虚拟敲除实验。
scTenifoldKnk是一种机器学习工作流程，它使用来自野生型（WT）对照样品的单细胞RNA测序（scRNAseq）数据作为输入来执行虚拟敲除实验。
构造一个单细胞基因调控网络（scGRN），并通过将基因的外边缘设置为零，从WT
scGRN的邻接矩阵中剔除目标基因。
scTenifoldKnk然后比较淘汰scGRN与WT
scGRN鉴定差异调节的基因，称为虚拟敲除基因扰动，这是用于评估基因敲除的影响，并在所分析的细胞显示基因的功能。
安装：
该软件包正在积极开发中，您可以使用以下命令安装scTenifoldKnk
：
library(remotes)
install_github('cailab-tamu/scTenifoldKnk')
library(scTenifoldKnk)
可用功能：
代码
功能
scTenifoldKnk
在单细胞基因调控网络上进行虚拟敲除实验
输入：
scTenifoldKnk所需的输入是一个表达矩阵，在行中具有基因，在列中具有细胞