文件名称：matlab代码cox-scTenifoldKnk:这是CRANR软件包存储库的只读镜像。scTenifoldKnk—来自单细胞基因调控网络的
文件大小：104KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-12 14:21:26
系统开源
Matlab代码考克斯scTenifoldKnk AR / MATLAB软件包可在单细胞基因调控网络上进行虚拟敲除实验。 scTenifoldKnk是一种机器学习工作流程，它使用来自野生型（WT）对照样品的单细胞RNA测序（scRNAseq）数据作为输入来执行虚拟敲除实验。 构造一个单细胞基因调控网络（scGRN），并通过将基因的外边缘设置为零，从WT scGRN的邻接矩阵中剔除目标基因。 scTenifoldKnk然后比较淘汰scGRN与WT scGRN鉴定差异调节的基因，称为虚拟敲除基因扰动，这是用于评估基因敲除的影响，并在所分析的细胞显示基因的功能。 安装： 该软件包正在积极开发中，您可以使用以下命令安装scTenifoldKnk ： library(remotes) install_github('cailab-tamu/scTenifoldKnk') library(scTenifoldKnk) 可用功能： 代码 功能 scTenifoldKnk 在单细胞基因调控网络上进行虚拟敲除实验 输入： scTenifoldKnk所需的输入是一个表达矩阵，在行中具有基因，在列中具有细胞
【文件预览】：
scTenifoldKnk-master
----man()
--------scTenifoldKnk.Rd(3KB)
----NAMESPACE(494B)
----inst()
--------single-cell()
----R()
--------dRegulation.R(2KB)
--------scTenifoldKnk.R(4KB)
--------scQC.R(1KB)
--------qFilter.R(144B)
--------strictDirection.R(180B)
----DESCRIPTION(3KB)
----README.md(4KB)
----MD5(497B)