文件名称：SCENIC:SCENIC是一种R软件包，可从单细胞RNA序列数据推断基因调控网络和细胞类型
文件大小：14.61MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-23 03:25:39
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风景 SCENIC（单细胞重组网络推断和聚类）是一种从单细胞RNA序列数据推断基因调控网络和细胞类型的计算方法。 该方法的描述和一些使用示例可在《。 当前在R（此存储库）和Python中有SCENIC的实现。 如果您不太喜欢使用R，我们建议您检查一下SCENIC（其中包含Nextflow工作流程）和Python / Jupyter笔记本，以轻松运行SCENIC （强烈建议您批量运行SCENIC或更大的数据集）。 然后，可以在R，Python或SCope（Web界面）中浏览任何实现的输出。 有关在R运行SCENIC的更多详细信息和安装说明，请参阅以下教程： 这些示例的输出位于： : 常见问题： 消息 2021/03/26： 新教程可 教程 2020/06/26： 该SCENICprotocol包括Nextflow工作流程，并pySCENIC笔记本现在正式发布。 有关详细信息
【文件预览】：
SCENIC-master
----Tutorials_JupyterNotebooks()
--------SCENIC_tutorial_2-ExploringOutput.ipynb(5.19MB)
--------SCENIC.png(70KB)
--------SCENIC_tutorial_2-ExploringOutput.html(13.47MB)
--------SCENIC_tutorial_1-RunningVSN.ipynb(18KB)
--------SCENIC_tutorial_1-RunningVSN.html(439KB)
----.gitignore(246B)
----NAMESPACE(1KB)
----vignettes()
--------detailedStep_3_scoreCells.Rmd(10KB)
--------importing_pySCENIC.Rmd(4KB)
--------detailedStep_2_createRegulons.Rmd(20KB)
--------cell.csl(4KB)
--------FAQ.md(8KB)
--------detailedStep_4_aucell_binarize.Rmd(7KB)
--------corrected.css(120B)
--------detailedStep_0_geneFilter.Rmd(3KB)
--------references.bib(3KB)
--------SCENIC_Running.Rmd(34KB)
--------SCENIC_Setup.Rmd(15KB)
--------detailedStep_1_coexNetwork2modules.Rmd(9KB)
----R()
--------class_ScenicOptions.R(19KB)
--------aux_viewMotifs.R(3KB)
--------add_cellAnnotation.R(1KB)
--------plotTsne_compareSettings.R(2KB)
--------aux_rss.R(5KB)
--------aux_regulons.R(6KB)
--------aux_geneFiltering.R(4KB)
--------aux_exportsForArboreto.R(1KB)
--------runSCENIC_4.R(9KB)
--------aux_export2loom.R(6KB)
--------runCorrelation.R(1014B)
--------plotTsne_AUCellHtml.R(2KB)
--------dotHeatmap.R(2KB)
--------priv_openDev.R(717B)
--------runSCENIC_2_createRegulons.R(20KB)
--------tsneAUC.R(5KB)
--------runSCENIC_2_createRegulons_Original.R(17KB)
--------runGenie3.R(6KB)
--------aux_importsFromPython.R(5KB)
--------runSCENIC_3_scoreCells.R(9KB)
--------plotTsne_AUCellApp.R(2KB)
--------data_exports.R(108B)
--------plotTsne_rgb.R(8KB)
--------runSCENIC_1_coexNetwork2modules.R(9KB)
----data()
--------defaultDbNames.RData(538B)
----.Rbuildignore(203B)
----LICENSE(6KB)
----man()
--------regulonsToGeneLists.Rd(476B)
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--------runGenie3.Rd(2KB)
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--------tsneAUC.Rd(1KB)
--------dotHeatmap.Rd(1008B)
--------exportsForArboreto.Rd(844B)
--------getRegulonName.Rd(870B)
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--------importArboreto.Rd(648B)
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--------defaultDbNames.Rd(337B)
--------add_cell_annotation.Rd(440B)
--------export2loom.Rd(1KB)
--------plotTsne_compareSettings.Rd(1KB)
--------runSCENIC_3_scoreCells.Rd(860B)
--------plotTsne_AUCellApp.Rd(919B)
--------plotRSS.Rd(1KB)
--------ScenicOptions-class.Rd(5KB)
--------selectRegulons.Rd(609B)
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--------runSCENIC_2_createRegulons.Rd(1KB)
--------runCorrelation.Rd(988B)
--------viewMotifs.Rd(2KB)
--------runSCENIC_1_coexNetwork2modules.Rd(1KB)
--------plotTsne_AUCellHtml.Rd(926B)
--------calcRSS.Rd(504B)
--------getDbTfs.Rd(482B)
--------importAUCfromText.Rd(995B)
--------plotEmb_rgb.Rd(2KB)
----README.md(3KB)
----inst()
--------doc()
--------examples()
--------CITATION(1KB)
----DESCRIPTION(837B)
----NEWS(1KB)