文件名称：SCENICprotocol:可扩展的SCENIC工作流程，用于单细胞基因调控网络分析
文件大小：143.29MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-22 13:24:45
Python
可扩展的SCENIC工作流程，用于单细胞基因调控网络分析 该存储库描述了如何对单细胞数据运行pySCENIC基因调控网络推断分析以及基本的“最佳实践”表达分析。 这包括： 独立的Jupyter笔记本电脑，用于交互式分析 Nextflow DSL1工作流程，它提供了一种半自动化且简化的方法来运行这些步骤 pySCENIC安装，使用和下游分析的详细信息 另请参阅《自然规约》中的相关出版物： : 。 有关此协议中步骤的高级实现，请参阅 ，这是pySCENIC的Nextflow DSL2实现，具有用于表达式分析的全面且可自定义的管道。 这包括其他pySCENIC功能（多次运行，集成的基于主题和基于轨迹的regulon修剪，织机文件生成）。 概述 实例探究 PBMC 10k数据集（10x基因组学） 完整的SCENIC分析，以及过滤，群集，可视化和SCope就绪的织机文件创建： | SCEN
【文件预览】：
SCENICprotocol-master
----.gitignore(109B)
----requirements.txt(2KB)
----nextflow.config(1KB)
----bin()
--------filtering-basic.py(4KB)
--------grnboost2_without_dask.py(4KB)
--------integrateOutput.py(6KB)
--------arboreto_with_multiprocessing.py(6KB)
--------preprocess_visualize_project_scanpy.py(5KB)
----scenic_protocol.yml(5KB)
----LICENSE(34KB)
----.github()
--------workflows()
----notebooks()
--------SCENIC Protocol - Case study - Mouse brain data set.ipynb(2.24MB)
--------PBMC10k_SCENIC-protocol-CLI.html(5.18MB)
--------PBMC10k_SCENIC-protocol-CLI-tracks.html(3.7MB)
--------SCENIC Protocol - High resolution images.ipynb(5.88MB)
--------SCENIC Protocol - Case study - Cancer data sets.ipynb(29.89MB)
--------PBMC10k_downstream-analysis.html(23.38MB)
--------SCENIC Protocol - Case study - Cancer data sets.html(30.3MB)
--------Figure - Speed comparison R and Python.ipynb(44KB)
--------SCENIC Protocol - Case study - Mouse brain data set.html(2.53MB)
--------PBMC10k_SCENIC-protocol-CLI-tracks.ipynb(3.36MB)
--------pbmc10k_garnett_results.txt(396KB)
--------PBMC10k_SCENIC-protocol-CLI.ipynb(4.84MB)
--------PBMC10k_downstream-analysis.ipynb(23.06MB)
----main.nf(6KB)
----README.md(8KB)
----example()
--------allTFs_mm.txt(11KB)
--------test_TFs_tiny.txt(5B)
--------allTFs_hg38.txt(11KB)
--------genome-ranking.feather(44.14MB)
--------sample_data_tiny.tar.gz(12KB)
--------allTFs_dmel.txt(5KB)
--------expr_mat.loom(472KB)
--------expr_mat_small.loom(35KB)
--------expr_mat_tiny.loom(35KB)
--------sample_data_small.tar.gz(11KB)
--------sample_data.tar.gz(468KB)
--------test_TFs_small.txt(9B)
--------motifs.tbl(30.56MB)
----conf()
--------test.config(540B)
----.gitattributes(30B)
----docs()
--------pipeline.md(1KB)
--------figs()
--------installation.md(5KB)