文件名称：matlab代码影响-SINGE:从伪颞单细胞基因表达数据重建基因调控网络
文件大小：10.83MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-11 01:04:14
系统开源
matlab代码影响使用Granger集成（SINGE）的网络的单细胞推理 从伪时态单细胞基因表达数据重建基因调控网络。 SINGE算法的独立MATLAB实现。 该代码已在Linux上的MATLAB R2014b和R2018a，macOS上的MATLAB R2020a和Windows上的MATLAB R2018a上进行了测试。 该软件以前称为SCINGE，现已更名为SINGE 。 引文 如果您使用SINGE软件，请引用： 阿图尔·德什潘德（Atul Deshpande），朱立芳，罗恩·斯图尔特（Ron Stewart），安东尼·吉特（Anthony Gitter）。 。 bioRxiv 2019. doi：10.1101 / 534834 资料库包含与此脚本相关的其他脚本，分析和结果。 依存关系 依赖关系取决于SINGE的运行方式。 每种模式的设置说明如下。 执行方式 完整的SINGE管道运行多个通用Lasso Granger（GLG）测试，以针对数据的不同超参数和子样本推断出不同的有向网络。 然后将这些有向网络汇总为最终的预测网络。 对于中小型数据集和相对较少的超参数组合，可以在“独
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SINGE-master
----readme_SINGE_GLG_Test.txt(3KB)
----.gitignore(306B)
----readme_SINGE_GLG_Test_mac.txt(4KB)
----README.md(12KB)
----data1()
--------README.md(775B)
--------X_SCODE_data.mat(254KB)
--------X_BranchTest.mat(262KB)
--------gene_list.mat(798B)
----USAGE.md(5KB)
----code()
--------dropZeroSamples.m(416B)
--------SINGE_Aggregate.m(2KB)
--------iLasso_for_SINGE.m(4KB)
--------SINGE.m(933B)
--------normalizePseudotime.m(167B)
--------Modified_Borda_Aggregation.m(8KB)
--------SINGE_GLG_Test.m(3KB)
--------dropSamples.m(780B)
--------adjmatrix2edgelist.m(695B)
--------run_iLasso_row.m(720B)
--------parseParams.m(4KB)
----NEWS.md(4KB)
----.github()
--------workflows()
----readme_SINGE_Aggregate_mac.txt(4KB)
----tests()
--------example_hyperparameters.txt(640B)
--------README.md(2KB)
--------standalone_branching_test.sh(1007B)
--------reference()
--------compare_adj_matrices.py(3KB)
--------environment.yml(133B)
--------compare_example_output.sh(2KB)
--------compare_branching_output.sh(2KB)
--------high_throughput_test.sh(1KB)
--------readme_SINGE_Test.txt(3KB)
--------docker_test.sh(1KB)
--------run_SINGE_Test.sh(878B)
--------SINGE_Test.m(504B)
--------standalone_test.sh(666B)
----LICENSE(1KB)
----.dockerignore(86B)
----readme_SINGE_Aggregate.txt(3KB)
----SINGE_Example.m(448B)
----docker()
--------Dockerfile(2KB)
--------README.md(1KB)
----data3()
--------README.md(1KB)
--------X_BMTF.mat(3.34MB)
--------Embeddr_Trajectory.png(1.62MB)
--------gene_list.mat(22KB)
----default_hyperparameters.txt(34KB)
----scripts()
--------README.md(919B)
--------probzeroremoval.txt(2B)
--------probremovesample.txt(4B)
--------time.txt(22B)
--------lambda.txt(21B)
--------kernel.txt(9B)
--------generate_hyperparameters.sh(890B)
----compile_SINGE.sh(2KB)
----data2()
--------README.md(588B)
--------X_DiffGenesAllCells.mat(1010KB)
--------gene_list.mat(4KB)
----.travis.yml(3KB)
----run_SINGE_Aggregate_mac.sh(867B)
----run_SINGE_GLG_Test_mac.sh(865B)
----run_SINGE_Aggregate.sh(883B)
----run_SINGE_GLG_Test.sh(882B)
----SINGE.sh(3KB)
----compile_SINGE_mac.sh(903B)
----data_bifurcated()
--------get_bifurcated_data_files()
--------README.md(4KB)
--------gene_list.mat(15KB)
--------X_data_bifurcated.mat(4.29MB)
--------README.Rmd(2KB)