文件名称：TENET:TENET是从伪时间排序的单细胞转录组数据重建基因调控网络的工具
文件大小：2.63MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-20 20:01:23
Python
电信网 从伪时间有序单细胞转录组数据重建基于转移熵的因果基因网络的工具 引文 核酸研究，gkaa1014， //doi.org/10.1093/nar/gkaa1014 相依性 python3 openmpi (>4.0) JPype 1.使用csv文件中的表达式数据运行TENET，并在文本文件中运行伪时间结果 用法 ./TENET [expression_file_name] [number_of_threads] [trajectory_file_name] [cell_select_file_name] [history_length] 例子 ./TENET expression_data.csv 10 trajectory.txt cell_select.txt 1 输入 （1）expression_file（建议原始计数）-一个csv文件，在行中具有N个单元格，在列中具有M个基
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TENET-master
----makeGRN4TFsameNumberOfLinks.py(785B)
----makeGRNsameNumberOfLinks.py(913B)
----runTE.py(3KB)
----PrePBSScript(909B)
----PreProcessScriptTF.py(1KB)
----TENET4PAGAhdf5(2KB)
----cell_select.txt(4KB)
----makeGRNbyTF.py(1KB)
----TENETsinglecore(4KB)
----GO_symbol_human_regulation_of_transcription+sequence-specific_DNA_binding_list.txt(6KB)
----trajectory.txt(28KB)
----makeGRN4TF.py(959B)
----runTE_TF.py(3KB)
----TENET_TF(2KB)
----Data.Tuck()
--------Tuck_PAGA510genes.h5ad(1.34MB)
--------Tuck_PAGA3281genes.h5ad(6.83MB)
----makeGRN.py(1KB)
----PreProcessScript.py(1KB)
----README.md(5KB)
----makeGRNbyTFsameNumberOfLinks.py(1KB)
----runTEpbsV2.py(3KB)
----GO_symbol_mouse_regulation_of_transcription+sequence-specific_DNA_binding_list.txt(6KB)
----hdf5_to_csv.py(695B)
----PostPBSScript(46B)
----countOutdegree.py(604B)
----GO_symbol_rat_regulation_of_transcription+sequence-specific_DNA_binding_list.txt(6KB)
----expression_data.csv(107KB)
----SubJobPBS.sh(2KB)
----trim_indirect.py(1KB)
----makeTEasMatrix.py(863B)
----infodynamics.jar(579KB)
----TENET(2KB)
----TENET4PBS(2KB)