【文件属性】:
文件名称:matlab代码cox-scTenifoldNet:AR/MATLAB软件包,用于从单细胞转录组数据构建和比较基因调控网络
文件大小:805.44MB
文件格式:ZIP
更新时间:2021-05-23 20:39:47
系统开源
Matlab代码考克斯scTenifoldNet
AR
/
MATLAB程序包使用基于机器学习方法从不同条件收集的单细胞RNA-seq(scRNA-seq)数据来构建和比较单细胞基因调控网络(scGRN)。
scTenifoldNet使用主成分回归,张量分解和流形比对来准确识别甚至微妙转移的基因表达程序。
安装:
scTenifoldNet可通过CRAN存储库获得,您可以使用以下命令安装scTenifoldNet
:
install.packages('scTenifoldNet')
library(scTenifoldNet)
或者,如果您对开发中的版本感兴趣,则可以使用以下命令安装scTenifoldNet
:
library(remotes)
install_github('cailab-tamu/scTenifoldNet')
library(scTenifoldNet)
可用功能:
代码
功能
质量控制
执行单细胞数据质量控制
cpmNormalization
执行百万计数(CPM)数据归一化
网络
根据主成分回归计算基因调控网络
makeNetworks
基于主成分回归计算