【文件属性】：
文件名称：scHLAcount:计数单细胞RNA序列数据中的HLA等位基因
文件大小：2.63MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-24 04:47:11
TeX
帐户
概述
scHLAcount允许您对I类基因HLA-A，B和C的单细胞RNA-seq数据中的分子进行计数； 和II类基因DPA1，DPB1，DRA1，DRB1，DQA1和DQB1使用个性化参考基因组。 您可以使用由替代方法确定的提供的HLA类型，也可以使用此工具调用HLA类型，然后根据这些调用进行量化。 有关更多详细信息，请参见“部分。
用途
scHLAcount可用于查看HLA基因的等位基因特异性表达。 通过将细胞特异性计数叠加到基于表达的t-SNE投影上并寻找完全丢失一种单倍型的簇，它也可以用于评估杂合性的丧失。 还可以使用scHLAcount评估HLA表达的一般损失，并且在此任务上比默认的Cell Ranger表现更好，尤其是在样品的HLA单倍型与参考值不同的情况下。
scHLAcount DEV
HLA genotyping and allele-specific expr
【文件预览】：
scHLAcount-master
----Cargo.toml(705B)
----paper()
--------main.tex(31KB)
--------workflow.png(201KB)
--------figures()
--------table1_AML_DRB1.tsv(2KB)
--------sample_gt.txt(128B)
--------figure3.R(16KB)
--------AML_548327.txt(183B)
--------figure2.R(8KB)
--------AML_508084.txt(200B)
--------table2_AML_C.tsv(2KB)
--------AML_721214.txt(197B)
--------coverage.png(245KB)
--------AML_809653.txt(183B)
--------AML_782328.txt(189B)
--------schlacount.bib(67KB)
--------table4_paulson_discovery.R(2KB)
--------figureS2.R(2KB)
----editdistancealleles.py(1KB)
----ci()
--------utils.sh(2KB)
--------before_deploy.sh(1KB)
--------sha256.sh(607B)
--------install.sh(1KB)
--------script.sh(620B)
--------construct_linux_binary.py(2KB)
----Cargo.lock(55KB)
----src()
--------locus.rs(1KB)
--------main.rs(17KB)
--------em.rs(16KB)
--------config.rs(835B)
--------mapping.rs(30KB)
--------hla.rs(10KB)
----.travis.yml(1KB)
----LICENSE(1KB)
----prepare_reference.sh(600B)
----test()
--------barcodes7.tsv(133B)
--------test.bam.bai(17KB)
--------barcodes0.tsv(20B)
--------test.bam(164KB)
--------test_allele_fasta.mtx(131B)
--------barcodes1.tsv(18B)
--------cds_ABC.fa(7KB)
--------fake_db()
--------genomic_ABC.fa(24KB)
--------test_call.mtx(79B)
----README.md(16KB)
----.gitignore(131B)