文件名称：scHLAcount:计数单细胞RNA序列数据中的HLA等位基因
文件大小：2.63MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-12 22:33:51
TeX
帐户 概述 scHLAcount允许您对I类基因HLA-A，B和C的单细胞RNA-seq数据中的分子进行计数； 和II类基因DPA1，DPB1，DRA1，DRB1，DQA1和DQB1使用个性化参考基因组。 您可以使用由替代方法确定的提供的HLA类型，也可以使用此工具调用HLA类型，然后根据这些调用进行量化。 有关更多详细信息，请参见“部分。 用途 scHLAcount可用于查看HLA基因的等位基因特异性表达。 通过将细胞特异性计数叠加到基于表达的t-SNE投影上并寻找完全丢失一种单倍型的簇，它也可以用于评估杂合性的丧失。 还可以使用scHLAcount评估HLA表达的一般损失，并且在此任务上比默认的Cell Ranger表现更好，尤其是在样品的HLA单倍型与参考值不同的情况下。 scHLAcount DEV HLA genotyping and allele-specific expr
【文件预览】：
scHLAcount-master
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