HLAProfiler:使用k-mers调用RNA测序数据中的HLA等位基因

【文件属性】：
文件名称：HLAProfiler:使用k-mers调用RNA测序数据中的HLA等位基因
文件大小：29.44MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-04-29 00:11:33
Perl HLA分析器 概要 HLAProfiler使用下一代测序读取的k-mer内容调用样品中的HLA类型。 基于k聚体含量，每个阅读对的每个读对被分配给HLA基因，并且将该基因的聚集k聚体概况与参考k聚体概况进行比较以确定HLA类型。 当前，HLAProfiler仅支持配对末端RNA-seq数据。 程式码范例 数据库创建： perl ~/opt/scripts/HLAProfiler/bin/HLAProfiler.pl build -t path/to/transcript.fa.gz -g /path/to/transcript_annotations.gtf.gz -e /path/to/hla_exclue_regions.bed -r /path/to/IMGT_reference.fasta -cwd /path/to/hla_cwd_alleles.txt -o /path/to