文件名称：TransGeneScan:TransGeneScan是用于转录组序列的基因发现工具-开源
文件大小：4.36MB
文件格式：GZ
更新时间：2024-05-20 12:16:14
开源软件
注意：TransGeneScan已迁移到Github（https://github.com/COL-IU/TransGeneScan）。 TransGeneScan不再在SourceForge中维护。 请在Github中找到最新版本。 TransGeneScan是用于元转录组序列的基因发现工具。 TransGeneScan结合了特定于链的隐藏状态，代表与FragGeneScan（http://fraggenescan.sourceforge.net/）相似的Hidden Markov模型中转录本上有义和反义链上的编码序列。包含一个或多个基因（操纵子）的转录本或反义转录本。
【文件预览】：
TransGeneScan1.2.1
----processFragOut.py(1KB)
----train()
--------454_5(1KB)
--------stop1(1.51MB)
--------gene(118KB)
--------454_10(1KB)
--------454_30(1KB)
--------illumina_10(1KB)
--------sanger_10(1KB)
--------noncoding(5KB)
--------complete(1KB)
--------start1(1.51MB)
--------rgene(118KB)
--------trans1(1KB)
--------start(1.51MB)
--------sanger_5(1KB)
--------pwm(8KB)
--------illumina_5(1KB)
--------trans2(1KB)
--------trans(1KB)
--------illumina_1(1KB)
--------stop(1.51MB)
----post_process.pl(5KB)
----util_lib.o(12KB)
----hmm.h(3KB)
----scripts()
--------genomeUtils.py(8KB)
--------__init__.pyc(168B)
--------pipeline.sh(2KB)
--------transConsensus.pl(1KB)
--------getNegTranscripts.py(1KB)
--------__init__.py(0B)
--------genomeUtils.pyc(9KB)
--------getTranscripts.py(1KB)
--------RBTree.py(4KB)
--------printBases.pl(2KB)
--------RBTree.pyc(6KB)
----util_lib.c(9KB)
----hmm_lib.c(37KB)
----util_lib.h(550B)
----example()
--------TGSout.as(58KB)
--------transcripts.fasta(3.84MB)
--------TGSout.ffn(2.62MB)
--------TGSout.gff(515KB)
--------TGSout.faa(1011KB)
--------TGSout.out(211KB)
--------TGSout.sn(160KB)
----FGS_gff.py(591B)
----hmm_lib.o(39KB)
----Makefile(258B)
----run_TransGeneScan.pl(2KB)
----FragGeneScan(51KB)
----README(4KB)
----run_hmm.c(6KB)
----run_hmm.o(11KB)