文件名称：Bayesian Estimated Core Genome:用于估计一组基因组序列的核心基因组的管道-开源
文件大小：4.41MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-16 15:32:41
开源软件
这些工具集（贝叶斯估计核心基因组工具）旨在提供一个简单的管道，用于基于从Genome Comparator [1]获得的输出来计算一组基因组序列的估计核心基因组。 除了计算估计的核心基因组外，还提供了工具，用于计算Genome Comparator根据参考基因组为每个基因生成的比对的中值成对距离。 最后，有一个工具可以生成必要的文件以创建在van Tonder等人中看到的基因组图。 [2]使用Circos [3]。 1.乔利·卡（Jolley KA），少女室（MC）。 BIGSdb：在人群水平上细菌基因组变异的可扩展分析。 BMC生物信息学2010，11：595。 2. van Tonder AJ，Mistry S等人。使用贝叶斯决策模型定义细菌种群的估计核心基因组。 （正在审查中）3. Krzywinski M，Schein J等。 Circos：比较基因组学的信息美学。 Genome Res 2009，19：1639-1645。
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Version 1.2
----Test_data()
--------Gen_Comp_Freq.txt(51KB)
--------NCTC11168.fasta(1.59MB)
--------Test_alignment.align(13.54MB)
--------NCTC11168.gb(5.85MB)
----core_genome_est.conf~(628B)
----core_control.sh(1KB)
----bin()
--------gene_check.R(390B)
--------check_gene_names.sh~(295B)
--------GC_to_circos.sh(1KB)
--------gene_check.R~(487B)
--------split_multifasta.pl(13KB)
--------pw_to_circos.sh(3KB)
--------prep_circos.R(2KB)
--------split_pw.sh(1KB)
--------pw_to_circos.sh~(3KB)
--------split_pw.sh~(1KB)
--------core_genome_estimator.sh(800B)
--------combine_results.R(711B)
--------CoreGenomeDecision.R(579B)
--------GC_to_circos.sh~(1KB)
--------gene_duplicate_check.sh~(239B)
--------combine_results.R~(702B)
--------CoreGenomeDecision.R~(580B)
--------calc_pair_dist_fs.R(488B)
--------gene_count.R~(209B)
--------aln_convert.pl(5KB)
--------prep_circos.R~(2KB)
--------core_genome_estimator.sh~(818B)
--------ticks.conf(997B)
----README~(2KB)
----core_genome_est.conf(708B)
----Bayesian_Estimated_Core_Genome_Tools_v1.2.pdf(1.02MB)
----README(2KB)