文件名称：core-genome-alignment:用于分析基因内容并进行细菌基因组核心基因的串联比对的脚本
文件大小：24KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-20 02:43:03
Python
核心基因组比对 将细菌基因组中的核心基因进行串联比对并比较基因含量的脚本。 以下手稿中使用了该存储库中的脚本： Mortimer TD，Weber AM，Pepperell CS。 2016.进化节俭：在适应VII型分泌系统过程中，分枝杆菌重新利用了质粒多样性。 bioRxiv：67207。 Dang UJ，Devault AM，Mortimer TD，Pepperell CS，Poinar HN，Golding GB。 2016。缺少数据的基因插入/缺失率估计。 遗传学：遗传学116.191973。 Shapiro LR，Scully ED，Straub TJ，Park J，Stephenson AG，Beattie GA，Gleason ML，Kolter R，Coelho MC，Moraes CMD等。 2016。宿主限制植物病原体气Kong欧文氏菌中的水平基因获取，移动元件
【文件预览】：
core-genome-alignment-master
----GeneMLTrees.ipy(834B)
----RunOrthoMCL.ipy(2KB)
----geneContentTree.py(3KB)
----RunProkka.ipy(1KB)
----editStrainNames.py(2KB)
----coreGenomeAlignment.py(7KB)
----eggNOGqueryFile.py(867B)
----geneContentMatrix.py(2KB)
----MakeCoreGenomeAlignment.ipy(4KB)
----FilterOrthoMCLGroups.py(2KB)
----removeStrainOrthoMCLGroups.py(2KB)
----getNCBIGenome.py(817B)
----RunOrthoMCL.py(6KB)
----randomConcatenation.py(3KB)
----README.md(6KB)
----GeneMLBootstrap.ipy(980B)
----compareCoreGenomes.py(4KB)
----mdsRFdistances.R(1KB)
----LICENSE.txt(1KB)
----eggNOGblast.py(4KB)