【文件属性】:
文件名称:virathon:古细菌和细菌病毒的基因组分析
文件大小:25KB
文件格式:ZIP
更新时间:2021-04-16 21:51:37
Python
Virathon:古细菌和细菌病毒的基因组分析
介绍
Virathon旨在自动分析古细菌和细菌的病毒基因组,特别是源自宏基因组学样本的未经培养的病毒基因组
依存关系
Virathon用Python 3编写,并使用多种外部依赖关系。
指令
使用vpf-class运行主机预测和分类分配:
python3 virathon_v0.1.py --genome_files My_Genomes.fasta --call_vpf_class True
这将生成以下文件:
VPF_Class_My_Genomes目录,其中包含:baltimore.tsv family.tsv genus.tsv host_domain.tsv host_family.tsv host_genus.tsv
从基因组Fasta文件开始使用RaFAH运行主机预测:
python3 virathon_v0.1.p
【文件预览】:
virathon-main
----virathon_v0.1.py(55KB)
----LICENSE(34KB)
----README.md(3KB)