bactopia:灵活的管道，可对细菌基因组进行完整分析

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文件名称：bactopia:灵活的管道，可对细菌基因组进行完整分析
文件大小：43.07MB
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更新时间：2021-05-12 03:44:56
nextflow conda bioconda bacterial-genomes fastqs 双歧杆菌 Bactopia是对细菌基因组进行完整分析的灵活途径。 Bactopia的目标是使用多种工具来处理您的数据，以便您可以更快地获得分析的乐趣！ Bactopia可以分为三个主要部分： ， 和。 Bactopia数据集提供了一个框架，用于将许多现有的公共数据集以及私有数据集纳入您的分析。Bactopia的下载，构建和（或）配置这些数据集的过程已实现自动化。 “ Bactopia分析管道”是Bactopia中主要的逐个隔离工作流。 使用输入FASTQ（本地或可从SRA / ENA获得）经过大量分析，包括：质量控制，组装，注释，参考映射，变体调用，minmer草图查询，blast对齐，插入位点预测，序列键入和更多的。 “ Bactopia分析管道”会根据可用的Bactopia数据集自动选择要包括的分析。 Bactopia Tools是一套用于比较分析的独立工作流程。 比较分析可能