文件名称：CONTIGuator:用于对基因组草图进行结构洞察的细菌基因组整理工具
文件大小：2.22MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-10 19:53:26
Python
连续器 介绍 CONTIGuator 是用于 Linux 环境的 Python 脚本，其目的是加快细菌基因组的整理过程，利用可用于对齐和解析使用最新测序技术获得的重叠群的相对位置的大量近基因组并因此设计一组 PCR 引物以填补空白并在完成过程中更进一步。 它还可以用于使用众所周知的 artemis 比较工具 (ACT) 获得对基因组结构的初步了解。 CONTIGuator 使用 megaBlast 算法创建所谓的“contig profile”，其中每个 contig 和参考基因组的区域被划分为高度相似的区域； 这导致了更多的 PCR 引物，这些引物是由 ABACAS 使用引物 3 和 Mummer 运行生成的。 程序的输出可以使用 Artemis 比较工具 (ACT) 进行可视化，用户可以在其中清楚地了解基因组草图的结构基因组特征（重叠群分析步骤的结果）并可视化位置和长度推定的 PC
【文件预览】：
CONTIGuator-master
----CONTIGuator.py(156KB)
----LICENSE.txt(31KB)
----examples()
--------Reference1.ptt(170KB)
--------Reference2.ptt(90KB)
--------contigs.fna(3.56MB)
--------references.fna(3.2MB)
----README.md(8KB)
----icon.png(22KB)
----CHANGELOG.txt(5KB)