文件名称：基因组草图绘制：在线笔记本审查基因组草图
文件大小：873.01MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-02-26 07:08:35
genomics data-structures sketches DatastructuresJupyterNotebook
基因组素描 基因组数据草图绘制算法综述 总览 该存储库与我对基因组数据的草图绘制算法的回顾： 笔记本对应于本文中的各节： 第3节：草绘算法 第4节：基因组学的示例工作流程 我还包括一个笔记本，涵盖了一些基本概念（例如， k-mer分解）。 该笔记本称为“ ，我们稍后通过将功能从该笔记本导入其他笔记本中来节省时间（例如，用于读取序列数据文件）。 如果您以前从未使用过Jupyter笔记本，则只需按“ Shift + Enter”即可运行一个单元。 是一个很好的指南，可以帮助您开始使用Jupyter。 运行工作簿 要从浏览器以交互方式运行工作簿，请使用Binder： 在本地运行工作簿 如果你想在
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genome-sketching-master
----.travis.yml(592B)
----binder()
--------environment.yml(504B)
--------test_environment.py(701B)
----paper()
--------figures()
--------revised-sketching-review.pdf(491KB)
----data()
--------samples.csv(288B)
--------GCF_000211415.1_ASM21141v1_genomic.fna.gz(1.41MB)
--------GCF_000025565.1_ASM2556v1_genomic.fna.gz(1.59MB)
--------reads()
----LICENSE(1KB)
----README.md(3KB)
----notebooks()
--------r3.4.Set-cardinality-with-HyperLogLog.ipynb(5KB)
--------r3.1.Set-similarity-with-MinHash.ipynb(18KB)
--------r4.2.Resistome-profiling.ipynb(10KB)
--------r4.4.Data-mining.ipynb(10KB)
--------r3.2.Set-membership-with-Bloom-filters.ipynb(5KB)
--------r4.3.Outbreak-surveillance.ipynb(4KB)
--------r3.3.Element-frequency-with-Count-Min-sketch.ipynb(684B)
--------r4.0.Workflows-for-genomics.ipynb(3KB)
--------Background.ipynb(15KB)
--------r4.1.Sample-QC.ipynb(12KB)
----references.md(4KB)