【文件属性】：
文件名称：YOC:YOC 是专为共线基因组设计的全基因组比对工具
文件大小：1.16MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-06-12 04:37:38
Java
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YOC 是专为共线基因组设计的全基因组比对工具。 它由 Raluca Uricaru (LIRMM/LaBRI) 开发。
用法
要运行的主要脚本是runYOC.csh ，它需要：
第一个以 fasta 格式进行比较的基因组
以 fasta 格式进行比较的第二个基因组
YASS相似度搜索的E值
OverlapChainer的重叠率
用例示例：
./runYOC.csh fasta_files/CP000412_GR.fsa fasta_files/CR954253_GR.fsa 10 10
结果在两个文件夹中生成：
yass_output ：YASS 中介结果为.yass 、 .yass1和.mat格式
results ：仅带坐标的简单链接结果 ( .chn )、带对齐的链接结果 ( .chn_yass ) 和覆盖率统计
安装
编译翻译器： make yass_blast
【文件预览】：
YOC-master
----.gitignore(72B)
----computeCoverage.awk(12KB)
----fasta_files()
--------CP000412_GR.fsa(1.8MB)
--------CR954253_GR.fsa(1.81MB)
----OverlapChainer()
--------src()
--------bin()
----runOC.csh(3KB)
----LICENSE(34KB)
----YOCchain2alignments.pl(16KB)
----README.md(2KB)
----runYass.csh(5KB)
----inverseGenome.awk(1KB)
----genomeLength.awk(940B)
----testInversedGenomes.awk(2KB)
----runYOC.csh(3KB)
----yass_blast2chainer.cpp(6KB)