文件名称：SibeliaZ:基于de Bruijn图的快速全基因组比对仪
文件大小：4.91MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-05 02:05:31
bioinformatics genomics graph-algorithms alignment comparative-genomics
SibeliaZ 1.2.2 发行日期：2020年10月29日 作者 Ilia Minkin（宾夕法尼亚州立大学） 保罗·梅德韦杰夫（宾夕法尼亚州立大学） 介绍 SibeliaZ是一个全基因组比对和局部可克隆的构建流程。 块坐标以GFF格式输出，并且对齐方式为MAF。 SibeliaZ设计用于由多个相似基因组组成的输入，例如相同物种的不同品系。 该工具最适合于数据集，从叶子到最近的共同祖先的距离不超过每个站点0.09个替换或9个PAM单位。 目前，SibeliaZ不支持输入长度超过4294967296 bp的染色体，此问题将在以后的版本中修复。 编译安装 安装SibeliaZ的最简单方法是使用 。 一旦安装了bioconda环境，请安装软件包sibeliaz： conda install sibeliaz 要自己编译代码，您需要安装以下软件的最新版本（仅Linux）： 吉特 C
【文件预览】：
SibeliaZ-master
----.gitmodules(268B)
----LICENSE.txt(2KB)
----DATA.txt(565B)
----NEWS.md(1KB)
----SibeliaZ-LCB()
--------blocksfinder.cpp(4KB)
--------common()
--------path.h(16KB)
--------sibeliaz.cpp(3KB)
--------maf_to_xmfa.py(231B)
--------CMakeLists.txt(571B)
--------sibeliaz(3KB)
--------distancekeeper.h(681B)
--------glue_gfa1.py(1KB)
--------outputgenerator.h(89B)
--------maf_to_gfa1.py(7KB)
--------junctionstorage.h(15KB)
--------blocksfinder.h(23KB)
----CMakeLists.txt(657B)
----examples()
--------genome1.fa(5.73MB)
--------README.md(118B)
--------sibeliaz_out()
--------genome2.fa(5.73MB)
----maf2synteny()
----README.md(11KB)
----spoa()
----TwoPaCo()
----.gitignore(4KB)