文件名称：bruijn_graph:用于基因组重组的 Bruijn 图的实现
文件大小：8.63MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-21 14:33:03
Python
德布鲁因图 Bruijn 图的实现应用于基因组重组。 实现是在 Python 中完成的，适用于 Python 2.x 和 3.x。 有两种实现：一种在“src”文件夹中，另一种在“old_src”文件夹中。 “old_src”文件夹中的实现是一个没有优化的旧实现，也不接受参数传递，必须执行/修改的文件是“main.py”。 “src”文件夹中的实现是接受参数的更新和更优化的实现。 我建议你使用它，下面的解释是基于它的。 实现代码由三个文件组成：fasta.py、kdmer.py、assembler.py。 fasta.py 文件读取 FASTA 格式的文件。 kdmer.py 文件通过返回一个 mers 列表来分隔所有 (k,d)-mers。 assembler.py 文件是调用所有其他文件的主文件。 它需要一个参数，即输入文件路径。 在名称为“input1”和“input
【文件预览】：
bruijn_graph-master
----src()
--------kdmer.py(749B)
--------assembler.py(12KB)
--------fasta.py(1KB)
----referencias()
--------Teoria dos Grafos.pdf(616KB)
--------Links(68B)
--------Remontando Genomas.pdf(8.75MB)
----README.md(3KB)
----old_src()
--------kdmer.py(2KB)
--------main.py(2KB)
--------graph.py(12KB)
--------entradas()
--------file_module.py(1KB)
----entradas()
--------entrada_rosalind2(568KB)
--------entrada1(9KB)
--------entrada_rosalind1(93B)
--------entrada2(26B)
----.gitignore(714B)