文件名称：ISEScan:用于识别基因组和元基因组中IS（插入序列）元素的python管道
文件大小：7.2MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-05 13:37:51
Python
扫描仪 用于识别基因组和元基因组中IS（插入序列）元素的python管道 目录 发行历史 接触 概述 ISEScan是用于识别基因组中IS（插入序列）元素的python管道。 它包括一个选项，用于报告完整的IS元素或完整和部分IS元素。 当用于报告完整的和部分的IS元素以识别气象基因组程序集中的IS元素时，尝试报告这是一个好主意。 默认情况下，ISEScan报告完整和部分IS元素。 ISEScan是使用Python3开发的。 它1）以fasta格式扫描基因组（或元基因组）； 2）预测/翻译（使用FragGeneScan）基因组到蛋白质组中； 3）搜索针对蛋白质组的转座酶（ISEScan随附的两个文件； cluster.faa.hmm和clusters.single.faa）的预先构建的pHMM（配置文件的隐马尔可夫模型），并在基因组中鉴定转座酶基因； 4）然后基于文献和数据库报道的已
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ISEScan-master
----constants.py(14KB)
----license.ssw.txt(1KB)
----pred.py(114KB)
----tools.py(77KB)
----proteome()
--------NC_012624.fna.gff(9KB)
--------NC_012624.fna.faa(13KB)
--------NC_012624.fna.out(1KB)
--------NC_012624.fna.ffn(36KB)
----submitjob.bash.omics(1KB)
----ssw201507()
--------test22.fna(51B)
--------main.c(17KB)
--------test2.fna(41B)
--------example.c(5KB)
--------__pycache__()
--------test1.fna(40B)
--------result.sam(311B)
--------kseq.h(8KB)
--------test11.fna(50B)
--------ssw_wrap.py(15KB)
--------ssw.c(27KB)
--------Makefile(1KB)
--------ssw.h(8KB)
--------ssw.h.gch(3.6MB)
--------pyssw.py(11KB)
----submitjobs()
--------submitjob.bash(807B)
----isescan.py(2KB)
----__pycache__()
--------isPredict.cpython-33.pyc(10KB)
--------tools.cpython-33.pyc(58KB)
--------ssw_wrap.cpython-33.pyc(13KB)
--------is_analysis.cpython-33.pyc(38KB)
--------pred.cpython-33.pyc(48KB)
--------constants.cpython-33.pyc(7KB)
----publication()
--------SupplementaryMaterials.docx(77KB)
--------btx433.pdf(245KB)
--------SupplementaryMaterials.xlsx(942KB)
----ssw_wrap.py(15KB)
----ISEScan.png(7KB)
----is_analysis.py(60KB)
----hmm()
--------clusters.faa.hmm.NC_012624.fna.faa(997KB)
--------clusters.single.faa.NC_012624.fna.faa(1.29MB)
----pHMMs()
--------clusters.single.faa(98KB)
--------clusters.faa.hmm(38.6MB)
----libssw.so(19KB)
----README.md(12KB)
----util()
--------split_fasta.py(332B)
--------refineFileList.py(706B)
--------evaluateFDR.py(4KB)
--------batch4bacteria.py(5KB)
--------batch4hmp.py(4KB)
----isPredict.py(11KB)
----pyssw.py(11KB)
----NC_012624.fna(42KB)