文件名称：VANIR:用于病毒变体调用和纳米Kong和 Illumina 读数的从头组装的 NextFlow 管道
文件大小：10.04MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-08-23 14:50:34
nanopore singularity variant-calling illumina denovo-assembly
凡尼 VANIR - NextFlow 管道，用于病毒变体调用和纳米Kong和 Illumina 读取的从头组装以获得高质量基因组 如果出现任何问题，请随时在此存储库中打开问题或通过joan.marti.carreras@gmail.com与我联系 介绍 该管道的目的是准确地碱基识别和 QC 读取信息，并从头组装来自牛津纳米Kong技术 (ONT) 读取的长读取数据，以产生完整的 dsDNA 病毒基因组。 目标基因组随后使用多种算法（Racon 和 Medaka）进行校正，并使用来自 Illumina 的更高精度读取数据集进行最终完善。 后来的单核苷酸变异 (SNV) 和结构变异 (SV) 从 Illumina 和 Nanopore 读数中调用，分别使用用户提供的参考并评估与标准的差异，并使用从头组装的基因组以评估样本内的多样性. 管道是在 NextFlow 管道管理器中编写的。 该框