文件名称：deepvariant：Google的DeepVariant变体调用方作为Nextflow管道
文件大小：88KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-02-24 06:00:36
workflow google pipeline nextflow dna
nf-core / deepvariant 深度变体作为Nextflow管道 用于运行Nextflow管道。 什么是DeepVariant，为什么在Nextflow中使用？ Google Brain团队于2017年12月发布了基于DeepLearning：DeepVariant的 。 实际上，DeepVariant首先基于BAM文件构建图像，然后使用DeepLearning图像识别方法来获取变体，并最终将预测的输出转换为标准VCF格式。 DeepVariant作为Nextflow管道为用户提供了多个优势。 它通过预处理步骤自动处理一些额外需要的索引和压缩文件的创建，这些文件是DeepVariant的必要输入，通常应由用户手动生成。 可以同时对多个BAM文件执行变体调用，并且由于Nextflow的内部并行化，不会浪费资源。 Nextflow对Docker的支持允许通过在Docker容器内部运行每个步骤，以一种可计算的，可重复的和干净的方式生成结果。 有关Google DeepVariant的更多详细信息，请参阅或此。 有关Nextflow中DeepVariant的更多信息，请
【文件预览】：
deepvariant-master
----.gitignore(92B)
----Dockerfile(287B)
----nextflow.config(4KB)
----bin()
--------scrape_software_versions.py(2KB)
--------markdown_to_html.r(1KB)
----.travis.yml(1KB)
----assets()
--------sendmail_template.txt(195B)
--------email_template.html(2KB)
--------email_template.txt(1KB)
----CODE_OF_CONDUCT.md(3KB)
----Singularity(419B)
----LICENSE(1KB)
----CHANGELOG.md(999B)
----.github()
--------PULL_REQUEST_TEMPLATE.md(888B)
--------ISSUE_TEMPLATE()
--------CONTRIBUTING.md(3KB)
----main.nf(18KB)
----README.md(5KB)
----environment.yml(232B)
----conf()
--------genomes.config(2KB)
--------test.config(623B)
--------awsbatch.config(617B)
--------binac.config(518B)
--------base.config(2KB)
--------multiqc_config.yaml(415B)
----.gitattributes(36B)
----docs()
--------images()
--------usage.md(13KB)
--------troubleshooting.md(1KB)
--------output.md(1KB)
--------configuration()
--------README.md(433B)
--------installation.md(6KB)
----pics()
--------pic_workflow.jpg(39KB)