【文件属性】：
文件名称：harmonyos2-Single-cell-RNAseq-data-analysis-bundle:单细胞RNAseq数据分析包
文件大小：49.14MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-07-01 15:38:12
系统开源
和声2
单细胞
RNAseq
数据分析包
该存储库包含一系列管道，可用于使用在网格引擎上运行的服务器对单细胞
RNA
测序转录组学数据进行处理、分析和探索性分析。
这些脚本也可以在个人机器上和/或以交互模式使用，或者通过调整
shell
脚本以在其他集群软件上使用。
这些管道是为研究解码人类胎肝造血过程中血液和免疫系统的发展而开发的，由于其更广泛的应用，它们正在被使用并进一步扩展到其他项目。
该捆绑包包括：
用于从多个
CellRanger
计数表构建数据集的工具
数据注释辅助
训练机器学习细胞类型分类器
双峰去除
计算数据简化坐标，如
tSNE、UMAP、力有向图和扩散图
轨迹分析
作为
html
页面的交互式绘图
批改正
标志基因
细胞类型比较指标和图
创建动画力有向图
将大数据集作为
Seurat
对象处理
要创建模式高级数据探索应用程序和
Web
门户，请访问。
此存储库将在本文档中称为
.
要运行管道，您必须下载整个包并传输到服务器/个人计算机。
文件夹结构必须保持原样。
建议的标准工作流程（步骤顺序是强制性的）：
创建
seurat
对象（
seurat_from_coun