文件名称：RNASeq分析工具包
文件大小：865KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-05 10:49:55
Shell
RNASeq-analysis-toolkit测试版 该存储库包含（希望）一个易于使用的工具来分析RNASeq数据。 依存关系 bowtie2 HTSeq R包 DESeq2 皮尔 dplyr 分割形状 ggplot2 RColorBrewer 增强火山 该工具假定所有预处理步骤均已执行。 这包括： 质量控制 可以使用诸如fastqc 工具评估序列质量 此后，可以使用例如trimmomatic 或cutadapt 评估搁浅 我以前使用过的脚本可以在这里找到： ://rseqc.sourceforge.net/#infer-experiment-py 使用诸如领结构建类的工具构建了基因组索引 基因组注释文件（GFF）可用。 可以从NCBI获得这些文件，也可以使用rast生成GFF文件。 已经获得了所关注物种的Kegg ko编号。 可以使用BlastKOAL
【文件预览】：
RNASeq-analysis-toolkit-master
----README.md(4KB)
----paired_end_2_vs_4_reps.sh(3KB)
----paired_end_triplicate.sh(3KB)
----standaloneR.sh(231B)
----deseq_tablesandkegg.R(8KB)
----paired_end_duplicate_analysis.sh(2KB)
----paired_end_2_vs_3_reps.sh(3KB)
----may2020_kegg.csv(6.15MB)