文件名称：singleCell:单细胞RnaSeq分析
文件大小：17KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-02 15:11:43
R
单细胞RnaSeq分析 您将在两个不同的目录中找到bash和R脚本。 xenomeCreation.sh基于Cell Ranger将使用的10X教程创建基因组参考。 align10x.sh对多个样本运行Cell Ranger对齐。 filterMouseReads.sh删除在鼠标上映射的读取，并使用特定于人类的读取创建干净的fasta。 qualityControl.R进行绘图以检查质量。 两个条件之间的DE-speudoBulk.R差异表达。 在bash/triggers ，有bash脚本调用（触发）其他bash脚本... trigger_filterMouseReads.sh调用filterMouseReads.sh以获得多个示例。 trigger_qualityControl.sh为几个示例调用qualityControl.sh。
【文件预览】：
singleCell-main
----chr_human.txt(4KB)
----R()
--------DE-speudoBulk.R(3KB)
--------qualityControl.R(24KB)
----README.md(770B)
----bash()
--------filterMouseReads.sh(7KB)
--------getBigWig.sh(3KB)
--------triggers()
--------align10X.sh(4KB)
--------xenomeCreation.sh(6KB)
----chr_mouse.txt(1KB)