文件名称：scRNASeq-bulkRNASeq:单细胞和大量RNASeq分析脚本
文件大小：275KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-01 17:29:40
r genomics heatmap deseq2 scrna-seq
单细胞和大量RNASeq分析 带有Seurat，Monocle和其他R包的示例分析脚本，用于规范化，缩放，降维技术（tSNE，PCA），差异基因表达和可视化。 对于来自10X Genomics Chromium平台的scRNASeq，我使用了cellranger多路分解，对于ddSeq平台，我使用了Illumina BaseSpace自动多路分解。 然后，这两个程序都运行自定义的STAR对齐方式。 Seurat是我选择的单细胞数据包。 对于批量RNASeq，我使用手动STAR-htseq-DESeq2管道，但可能会切换为limma而不是DESeq2。 出于可视化目的，我使用R包的内置函数或使用自定义ggplot2以及偶尔使用的基本R图形函数。
【文件预览】：
scRNASeq-bulkRNASeq-master
----corrplot_example.R(314B)
----example_merging_many_DE_results.R(2KB)
----star_stats_combine.R(6KB)
----DESeq2-parallelized.R(4KB)
----TSCAN.R(5KB)
----enrichr_libraries_KEGG2019_GObio2018_ARCHS4.txt(58B)
----FateID-example-workflow.R(5KB)
----corrplot.R(428B)
----DESeq2-example.R(9KB)
----dyno_example.R(9KB)
----RUVSeq.R(2KB)
----stats_compare_NextSeq_HiSeq_NovaSeq.R(672B)
----triangle_plots_for_Seungmi_Jaro.R(5KB)
----enrichr.R(6KB)
----README.md(743B)
----ComplexHeatmap.R(2KB)
----Seurat-DE.R(5KB)
----Monocle-example-workflow.R(11KB)
----Broad_GSEA_CLI.sh(1KB)
----dyno-example.htm(735KB)
----ComplexHeatmap_annotation.R(3KB)
----Seurat-example-workflow.R(16KB)
----pca.R(2KB)
----Volcano_plot_generic.R(3KB)